Cellposeは、機械学習を用いて細胞の顕微鏡画像から細胞をセグメンテーションするためのツールである。
今回は、Cellposeのインストールから実行環境の立ち上げまで自分の備忘録用にまとめる。
なお、基本的には以下のレポジトリのREADME（特に、オプション 2: Python の venv を使用したインストール手順）に書かれていることをそのまま実行している。
また、GPU（GeForceを使用）で学習するため、cudaは元からインストールされている。
環境：windows10, python3.12
pythonは、事前に3.8以降をインストールしておく必要あり。
インストール
以下、ターミナルで実行。Mac, Linuxだとコマンドが若干異なるので注意。
- 仮想環境を立ち上げるディレクトリに移動し、仮想環境を立ち上げる
python3.12 -m venv .venv/Cellpose
2. 仮想環境のアクティベート
.\.venv\Cellpose\Scripts\activate
アクティベートの際、「このシステムではスクリプトの実行が無効になっているため、ファイル xxx .venv\Cellpose\Scripts\Activate.ps1 を読み込むことができません。」というエラーが出てきた。 以下を参考に解決。
参考：VSCode insiders venv activate時の「このシステムではスクリプトの実行が無効になっているため～」 エラーの解決
解決すると、仮想環境に移動される。
3. 仮想環境にCellposeをインストール
(Cellpose)$ python -m pip install cellpose
GUIも一緒にインストール
(Cellpose)$ python -m pip install cellpose[gui]
4. 実行確認
仮想環境で以下を実行するとcellposeが実行される。
(Cellpose)$ cellpose.exe
参考
オプション 2: Python の venv を使用したインストール手順
VSCode insiders venv activate時の「このシステムではスクリプトの実行が無効になっているため～」 エラーの解決