SalomeとかFreeCADとかpythonを組み込んだソフトを色々見かけるところから考えるに、pythonを組み込むのは比較的易しいと思われる。

組み込まれ方をよく見ると、次の2つのパターンを両方やっていたりする。

・pythonのインタープリタを内部で呼び出し、コマンドリストを解釈させ、その実行結果を取り込む
・そのソフトの主要機能をpythonスクリプトから呼び出せるようにモジュールを提供する

SalomeもFreeCADもこの両方をやっている。
後者までやるならば、windows版のgnuplotのように、テキストベースを基本としてGUIはそれにかぶせるだけという選択肢もありなのだが、3Dデータの操作などのGUIじゃないと無理な機能がある時は、テキストベース100%には出来ない。

この様な実装方法があることを覚えておくと、ソフト開発において、労力の最小化と最大限の柔軟性を同時に得られるケースが出てきます。