SQL Server2000での不具合
FreeTDSのみや、FreeTDS+unixODBCでODBC接続する場合、
SQL Server2008R2と同じ方法で接続出来ます。
FreeTDSのfreetds.confの項目、tds version = 7.1 に変更するだけです。
ただ、SQL Server2008R2に比べて以下の問題があります。
FreeTDS
PHP
データベース名、テーブル名が日本語だとデータを取得しない
tsql
問題なく取得できる。
FreeTDS+unixODBC
PHP
テーブル名が日本語でもデータを取得することは可能であるが、
3万件以上のデータを保持している場合にはMemory Over Flowで落ちる
isql
問題なく取得できる。
PHP側のドライバーの問題？
正直原因はよく分かりません。
isqlやtsqlで問題が無いところを考えると、
PHPのODBCドライバーやPDO_DBLib等のドライバー側の問題だと思われます。