app/config/eccube/routes.yaml

controllers:
    resource: ../../src/Eccube/Controller/
    type: annotation
customize_controllers:
-    resource: ../../app/Customize/Controller/
+    resource: ../../app/Customize/Controller/**/**
    type: annotation
+    exclude: '../../app/Customize/Controller/Api/'
+ customize_api_controllers:
+     resource: ../../app/Customize/Controller/Api
+     type: annotation
+     prefix: /v1
+     name_prefix: v1_api_

exclude を記述しなかった場合、customize_controllers の定義で1つ、customize_api_controllers の定義で一つ（プレフィックス付き）の2つが、ルーターに登録されてしまう。

例えば、以下のようなルートを追加した場合。

<?php

declare(strict_types=1);

namespace Customize\Controller\Api;

use Eccube\Controller\AbstractController;
use Eccube\Entity\Member;
use Symfony\Component\HttpFoundation\JsonResponse;
use Symfony\Component\Routing\Annotation\Route;

class MeController extends AbstractController
{
    /**
     * @Route("/me", name="me", methods={"GET"}, condition="request.headers.get('Accept') === 'application/json'")
     */
    public function me(): JsonResponse
    {
        $user = $this->getUser();

        if ($user === null) {
            return $this->json([
                'logged_in' => false,
                'member_id' => null,
            ]);
        }

        assert($user instanceof Member);

        return $this->json([
            'logged_in' => true,
            'member_id' => $user->getId(),
        ]);
    }
}

先ほどの exclude の記述がない場合は、下記画像の左側のように、2個のルートが登録されます。
exclude の記述がある場合は、下記画像の側のようになります。