はじめに
EC-CUBE4 には、オーナーストアプラグインを更新するための専用コマンド eccube:composer:update があります。
このコマンドにはパッケージを指定するオプションがないため、対象のプラグイン（依存パッケージ含め）以外の更新がされる可能性があるかと思います。
対象のプラグイン（依存パッケージ含め）のみを更新する方法です。
※公式ドキュメントに、コマンドラインでプラグインを更新する方法の記載がないため、この方法は自己責任で行う必要があります。
※eccube:plugin:updateは、独自プラグインを更新するときに利用。 *参考
※ 管理画面のプラグイン一覧のアップデートボタンだけが、PluginService クラスの update() を実行できる。
※ updatePlugin() では、オーナーストアプラグインをアップデートできない。
プラグインを更新する
composer require は、インストール済みパッケージの対象バージョンを変更するときにも使用するようです。
なので、ここでは プラグインの新規インストール と同じ手順で行います。
EC_CUBE_PLUGIN_PACKAGE には、パッケージ名（例：ec-cube/SalesReport4）を入れ、EC_CUBE_PLUGIN_CODE には、プラグインコード（例：SalesReport4）を入力します。
# メンテナス状態に変更
echo auto_maintenance_update > ./.maintenance
# プラグインを無効化
./bin/console eccube:plugin:disable --code=EC_CUBE_PLUGIN_CODE
# EC-CUBEプラグインのダウンロードと依存ライブラリのダウンロード
./bin/console eccube:composer:require EC_CUBE_PLUGIN_PACKAGE
# キャッシュ削除
./bin/console cache:clear --no-warmup
# ダウンロードしたプラグインを適用（バージョン情報がDBにも反映される）
./bin/console eccube:plugin:update EC_CUBE_PLUGIN_CODE
# プラグインを有効化
./bin/console eccube:plugin:enable --code=EC_CUBE_PLUGIN_CODE
# メンテナス解除
rm ./.maintenance
ローカルで動作確認ができたら
こちらの記事を参考に、他のマシンにもインストールします。
https://qiita.com/applexco/items/0f0f5b2640cc79580d29