JuliaからStanを動かしてみた

はじめに

Stan.jlをmacOS上で動かせるようにしたときのメモ。

手続き要約

基本的には公式のマニュアルに従って作業していけばいいようだ。

1. cmdstanをインストール
2. Stan.jlをadd

詳細

cmdstanのインストール

User's Guideに従って作業していけばOK

1. GitHubリポジトリから最新版リリースをダウンロード
2. 適当な場所に解凍して、cmdstanディレクトリに移動（User's guideで<cmdstan-home>と表記されているところ）
   • 解凍したものをJuliaから使うので、それらしい場所に置くとよい
   • プログラミングとか何もわからんので、~/srcの下に置いた
3. make cmdstan -jでmakeする。最後に--- CmdStan v2.23.0 built ---が出てくれば成功らしい。
   • これは場合によってはちょっと時間がかかる
4. Stan.jlが探せるように、.zshrcに以下を追記していおく

export JULIA_CMDSTAN_HOME=/Users/takashi-takahashi/src/cmdstan
launchctl setenv JULIA_CMDSTAN_HOME /Users/takashi-takahashi/src/cmdstan

Stan.jlをaddする

こちらも公式マニュアルに従って作業する

1. JuliaをREPLで立ち上げて、] add Stanするだけ

一応、WalkThrough exampleをやってみる。] add StanSampleして、using Stanも追記しておくとたしかに動く。