ggplot2がデータをアルファベット順にソートしてからプロットする仕様のために、ソートしてほしくない時に辛かった話。
以下のような状況だった。

library("ggplot2")

# B,A,Cの順番のまま棒グラフにしたいとする
# 並び順を示す数値もあるとする（3列目）
# Bは赤 Aは緑 Cは青に色付けしたいとする
dat <- read.table(text=
"B    12.3    1
B    12.1    1
B   15.2    1
B   11.3    1
B   14.6    1
B   15.3    1
B   16.1    1
B   11.5    1
B   12.6    1
A    18.7    2
A    14.6    2
A    13.9    2
A    15.4    2
A    14.2    2
A    16.5    2
A    14.3    2
A    17.1    2
C    15.4    3
C    19.6    3
C    15.2    3
C    25.5    3
C    35.5    3
C    45.2    3
C    55.4    3
C    35.4    3", header = FALSE)
colnames(dat) <- c("Variable", "Value", "Order")

# ggplot2はアルファベット順にソートしてからプロットしてしまうため、間違えて色付けしてしまう
bx <- ggplot(dat, aes(x=Variable, y=Value, fill=Variable))
bx <- bx + geom_boxplot()
bx <- bx + stat_boxplot(geom = "errorbar")
bx <- bx + scale_fill_manual(values=c("red", "green", "blue"))
bx

# ならばとreorderで無理やりB,A,Cの順にすると、scale_fill_manualはソート前の順番で色付けしてしまうために赤、緑、青の順にならない
bx <- ggplot(dat, aes(x=reorder(Variable, Order), y=Value, fill=Variable))
bx <- bx + geom_boxplot()
bx <- bx + stat_boxplot(geom = "errorbar")
bx <- bx + scale_fill_manual(values=c("red", "green", "blue"))
bx

# ggplotはlevelsが返す順番でプロットしているらしい
levels(dat$Variable)

# levelsの順番を自分で設定するといいらしい
# 参考 : http://stackoverflow.com/questions/20041136/avoid-ggplot-sorting-the-x-axis-while-plotting-geom-bar
dat <- read.table(text=
"B    12.3    1
B    12.1    1
B   15.2    1
B   11.3    1
B   14.6    1
B   15.3    1
B   16.1    1
B   11.5    1
B   12.6    1
A    18.7    2
A    14.6    2
A    13.9    2
A    15.4    2
A    14.2    2
A    16.5    2
A    14.3    2
A    17.1    2
C    15.4    3
C    19.6    3
C    15.2    3
C    25.5    3
C    35.5    3
C    45.2    3
C    55.4    3
C    35.4    3", header = FALSE, stringsAsFactors = FALSE)
colnames(dat) <- c("Variable", "Value", "Order")
dat$Variable <- factor(dat$Variable, levels = unique(dat$Variable))

# これだとうまいく
bx <- ggplot(dat, aes(x=reorder(Variable, Order), y=Value, fill=Variable))
bx <- bx + geom_boxplot()
bx <- bx + stat_boxplot(geom = "errorbar")
bx <- bx + scale_fill_manual(values=c("red", "green", "blue"))
bx