fpokcet（タンパク質結合部位抽出） メモ

conda config --add channels conda-forge
conda install fpocket

任意のPDBファイル

fpocket -f xxxxx.pdb

出力されるxxxxx.pmlをpymolにDDすれば

こんな感じに予想ポケット部位を出力する

Fpocket のスコア _info.txtの一番上のものが必ずしも実際のタンパク質ポケットではないことに注意。

ぶっちゃけautodockの全範囲シミュレートのほうが正確なポケット位置は分かると思う。