conda config --add channels conda-forge
conda install fpocket
任意のPDBファイル
fpocket -f xxxxx.pdb
出力されるxxxxx.pmlをpymolにDDすれば
こんな感じに予想ポケット部位を出力する
Fpocket のスコア _info.txtの一番上のものが必ずしも実際のタンパク質ポケットではないことに注意。
ぶっちゃけautodockの全範囲シミュレートのほうが正確なポケット位置は分かると思う。
Register as a new user and use Qiita more conveniently
- You get articles that match your needs
- You can efficiently read back useful information
- You can use dark theme