Minicondaのインストール
Biocondaをインストールするには、まずAnacondaもしくはMinicondaをインストールする必要があります。
Minicondaのインストールの仕方は以下をご覧ください。
Compute Engineのvm instanceにMinicondaをインストールする
Biocondaのインストール
以下のように入力します。
conda config --add channels defaults
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda
これでBiocondaがインストールされます。
確認
本当にBiocondaが使えるか試してみましょう。
例として、EMBOSSをインストールしてみます。
conda install emboss
以下のように表示されればOKです。
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done
==> WARNING: A newer version of conda exists. <==
current version: 4.7.12
latest version: 4.8.1
Please update conda by running
$ conda update -n base -c defaults conda
## Package Plan ##
environment location: /home/masakazu_ishikawa/miniconda3
added / updated specs:
- emboss
The following packages will be downloaded: