リカバリコードを控えているか

Yes→リカバリコードを入力すればログインできます
No→次の項へ

SSHキーは登録済みか

https://github.com/(ユーザID).keys
でkeyが登録されていますか？
Yes→GitHubのサーバにSSH接続することでサポート用のキーを発行してもらえるようです。このキーをつかってサポートに連絡し、二段階認証を切ってもらいましょう。
参考:How to recover your GitHub account if you lost your 2FA credentials AND recovery codes.
No→次の項へ

リポジトリにpushできるか

Yes→READMEなどにアカウントがログインできなくなったこと書いてpushし、次の項へ
No→次の項へ

R.I.P.

さようなら。この後悔を心に留め、新しいアカウントを作り、新しいGitHub人生を送りましょう。
前項でpushできる人は、新しいアカウントへの誘導をREADMEに書くのもいいかもしれません。

さいごに

筆者はこれでアカウントをロックアウトしてしまったので、
みなさんは二段階認証入れるときは必ずリカバリーコードをメモっておきましょう。
大したコードしかうｐされてなくても、無くなってしまうと悲しいものです。
さようなら https://github.com/amichang
こんにちは https://github.com/aminosan