Dockerfilleに

RUN -jt onedark

を入れていたので、
この記述を消したがうまく行かないので

docker imageを消して再buildしてもらうことに
image 全部消す

docker-compose rm

その後に、

docker-compose up --build

で起動したが、onedarkはそのまま

RUN jt -r

を入れて

docker-compose up --build

を実行するが、jt -r 実行できないよと言われる。

起動した後に直接jt -r をしてjupyter を起動した。

docker exec -it {docker image} bash
jt -r

そのあとdocker stopしたあと、docker buildしなおして解決

docker stop {dockerimage}
docker-compose up --build