解決方法
- 作成したフォルダを右クリック -> "Convert to Group"
何が起こっている?
XCode 16からの新機能である、Folder機能とCocoaPodsを使ったプロジェクトと相性が悪く、Folderがあるとビルドが通らないのだと思われる
参考
https://developer.apple.com/documentation/xcode-release-notes/xcode-16-release-notes
https://github.com/CocoaPods/CocoaPods/issues/12456#issuecomment-2298010983