本体のDBのコピーをDropboxの上に作る機能みたいだけど、なんかバグっていて、Dropbox以外のフォルダも指定できるし、いったん指定するとフォルダのパスが変更できない。やり方があるのかもしれないけどよくわからん。
だれかできた人いるのかな。。。
このままやり方がわからないようなら、プレミヤム会員をやめるとするか。。。
追記：2014-12-12
いただいたコメントの通りやったらうまくいきました。
defaults delete com.qiita.Kobito DataSyncServiceName
defaults delete com.qiita.Kobito DropboxDirectoryBookmark
さすがにコマンドを打つのはハードルが高いので、修正を期待します！
同期するフォルダのパスの変更は、Finderから対象のフォルダをドラッグしてKobitoの設定パネルの「フォルダの場所：」ってところにドロップしたら変更できないですかね
コメントに書かれているとおり、Version2.1.1では、アプリからの変更はできない仕様になっているようです。同期機能を目当てにプレミアムに入ろうとしているひとは、しばらく待った方がよいと思います。
追記:2015-01-10
KobitoをEvernote的に使えるかなとおもったのですが、同期機能がいまいち使えないので、プレミアム会員をやめることにしました。
プレミアムの同期機能がマスターのDBをDropboxにコピーして、それを吸い取ってマスターを更新するという仕様のようなのですが、1つのマシンで削除してもDropboxの上では削除されるのですが、もう1つのマシンで削除されないからです。
さらに、もう1つのマシンからDBがDropboxにコピーされて、はじめのマシンにもどっていくので削除したエントリーが復活してしまいます。
結局マスターがMacの方にあって、意図的に削除したという情報をDropboxに伝える機能がないようで、削除したエントリーがゾンビのように復活してしまいます。Dropboxをマスターにするように実装する必要があるんじゃないか。。。
というわけでEvenote的に使いたいなら、Evernoteを使うのが良さそうなので、Evernoteをしばらく使うことにしました。