最近機械学習を始めてPython&PyCharmを使い始めたのですが、地味にはまった＆Google先生でも探せなかったので、残しておきます。
※macの場合の対処法です。
※windowsの場合も似たような対処ができるとは思いますが、試していません。

現象

PyCharmは、拡張子なしでもファイルタイプを認識し、適切なファイルタイプとして扱ってくれますが、逆に一度誤ったファイルタイプを指定してしまうと、同名のファイルは一度削除しても、.ideaを消しても最初に指定したファイルタイプとして認識されてしまいました。

自分は、training.pyというファイルをPLAIN_TEXTと認識させてしまったため、「別のファイル名でコードを記述し、Pythonと認識させる」　→「リファクタ（rename)」とやってみましたが、renameするとPythonと認識してくれなくなりました。。
※もちろん別名であれば、Pythonとして認識してくれました。

対処法

1.　以下ファイルを開きます。
~/Library/Preferences/PyCharm2018.2/options/filetypes.xml
※PyCharm2018.2の場合です。バージョンは適宜読み替えてください。

2.　mappingタグのtype属性を適切なtypeへ書き換えます。(もしくは削除します)
<application> <component name="FileTypeManager" version="17"> <ignoreFiles list="*$py.class;*.hprof;*.pyc;*.pyo;*.rbc;*.yarb;*~;.DS_Store;.git;.hg;.svn;CVS;__pycache__;_svn;vssver.scc;vssver2.scc;" /> <extensionMap> <mapping pattern="trial_data.txt" type="PLAIN_TEXT" /> <mapping pattern="hello_world" type="Python" /> </extensionMap> </component> </application>

以上です。

それでは、良いPython＆PyCharmライフを〜