git archiveを使う

ユーザーのpeperonという場所に、「html.zip」という形式でファイルを出力する例。

$ git archive --format=zip HEAD `git diff master --name-only --diff-filter=AM` -o C:\User\peperon\html.zip

masterと現在のブランチを比較し、削除されたファイルを除き、変更があったファイルをアウトプット（-o）しています。（コマンドライン慣れてない人、半角スペース注意。）

以上、エンジニアさんに聞いた方法です。
納品ファイル漏れで始末書にならずに済むので、きっと便利。