表題の通りで下記エラーが発生

[error] 8#8: *25 FastCGI sent in stderr: "Primary script unknown" while reading response header from upstream

「Primary script unknown」で色々調べた所、nginx.confの設定で

fastcgi_param  SCRIPT_FILENAME  /scripts$fastcgi_script_name;
↓
fastcgi_param  SCRIPT_FILENAME  $document_root$fastcgi_script_name;

という記事が多かったです、てかほとんどでしたが、原因が違いました。
もっと根本的な凡ミスでした。

nginxでは
/var/www/app/{アプリの中身いっぱい}

php-fpmでは
/var/www/{アプリの中身いっぱい}

でappが抜けててエラーが出ているようでした。

単純ですが時間かかったので記事に残しておきます。