Windowsフォームアプリケーションで、閉じるボタン(ウィンドウ右上の×ボタン)を押した際に終了確認用メッセージボックスを出力したい場合があると思います。しかし、別のアプリケーションからProcessクラスのCloseMainWindow()メソッドを実行してウィンドウを閉じる場合は終了確認用メッセージボックスを出力したくない場合もあるかと思います。その対処法を記述します。

動作確認環境

Windows10
C# 5.0
.NET FrameWork 4.5

サンプル

MainForm.cs

private void MainForm_FormClosing(object sender, FormClosingEventArgs e)
{
    if (e.CloseReason == CloseReason.UserClosing)
    {
        var text = "閉じてよろしいでしょうか？";
        var caption = "確認";
        if (MessageBox.Show(text, caption, MessageBoxButtons.YesNo) == DialogResult.No)
        {
            var piCloseReason = this.GetType().GetProperty("CloseReason", BindingFlags.Instance | BindingFlags.SetProperty | BindingFlags.NonPublic);

            piCloseReason.SetValue(this, CloseReason.None, null);
            e.Cancel = true;
        }
    }
}

CloseMainWindow()メソッドが実行されるとCloseReasonプロパティにCloseReason.TaskManagerClosingがセットされます。
しかし、先に閉じるボタンを押して、表示されるメッセージボックスで「いいえ」ボタンを押してクローズ処理をキャンセルする等してCloseReasonプロパティにCloseReason.None以外がセットされると、CloseMainWindow()メソッドが実行されてもCloseReasonプロパティにCloseReason.TaskManagerClosingがセットされません。
そこで、クローズ処理がキャンセルされた場合は、リフレクションを使用してCloseReasonプロパティにCloseReason.Noneをセットしています。
これで期待通りの動作を実現できました。

参考

Reference Source - Microsoft

不備がございましたら、ご指摘いただければ幸いです。