atomをIDE化するパッケージであるatom-ide-uiは開発が止まっており、非推奨になっている。後継パッケージが出ているので、そちらを使おう。

経緯

atom-ide-uiは元々facebookによって開発されていた。しかし、2018年になってfacebookがオープンソースに関する取り組みを廃止。atom-ide-uiリポジトリはアーカイブされ、atom本体の変更に追随しなくなった。
atomのIDEパッケージの開発を引き継いだのがatom-communityで、そこではかつてのatom-ide-uiにあった機能がいくつかのパッケージに分割されて提供されている。こちらは更新が続いている。

対策

詳しくはatom-communityの公式サイトを参照。

atom-communityからはatom-ide-uiの代替となる以下のパッケージが提供されている。

Data Tip - 変数にカーソルを合わせるとデータチップが表示される。
Signature Help - 関数にカーソルを合わせるとヘルプが表示される。
Go to Definition - 変数や関数が定義されている場所に飛べる。
linter - リンター。
linter-ui - リンターUI。
Outline 変数や関数の一覧を表示するやつ

これらの基本パッケージの中から必要なものを選んでインストールする。一個ずつインストールするのが面倒だという人は、全部が入ったatom-ide-baseというパッケージもある。(←後から気付いた)
なお、基本パッケージは、IDE言語パッケージ（ide-pythonとか）との組み合わせで動く。言語パッケージは従来のatom-ide-uiに対応しているものならなんでもいいようだ。
参考までに、いくつか言語パッケージを列挙しておく。

他にもいっぱいある。
古い言語パッケージは依存関係としてatom-ide-uiを導入するようサジェストしてくるが、無視してOKらしい。

atom-ide-uiでも部分的には動くのだが、確認できる範囲ではターミナル機能などが死んでいて不安要素があるので、新しいほうに乗り換えたほうがよさそう。

参考

雑にググった結果。

https://blog.atom.io/2018/12/12/facebook-retires-nuclide-extension.html - atom-ide-uiの廃止が発表された時の記事
https://news.ycombinator.com/item?id=18666827 - それを受けての掲示板の反応
https://nazimboudeffa.medium.com/atom-ide-community-to-replace-facebooks-nuclide-2c8c6aab5a32 - atom-communityの紹介記事

「atom ide」とかでググるとatom-ide-uiの情報しか出てこない。もうちょいコミュニティ盛り上がってくれ。