※ libs ディレクトリに Unity のライブラリ classes.jar ファイルが追加されている前提。

メインモジュール( app とか )内の build.gradle に以下の内容を追加する。

build.gradle

android.libraryVariants.all { variant ->
    variant.outputs.each { output ->
        output.packageLibrary.exclude('libs/classes.jar')
    }
}

上記の項目は、android ライブラリとしてビルドするようになっていないとエラーになるので注意。
最終的な build.gradle は以下のようになる。
※ android.libraryVariants.all 以外の部分は各プロジェクトで変わってくると思うのであくまで参考で。

build.gradle

apply plugin: 'com.android.library'

android {
    compileSdkVersion 22
    buildToolsVersion "22.0.1"

    defaultConfig {
        minSdkVersion 9
        targetSdkVersion 22
        versionCode 1
        versionName "1.0"
    }
    buildTypes {
        release {
            minifyEnabled false
            proguardFiles getDefaultProguardFile('proguard-android.txt'), 'proguard-rules.pro'
        }
    }
}

android.libraryVariants.all { variant ->
    variant.outputs.each { output ->
        output.packageLibrary.exclude('libs/classes.jar')
    }
}

dependencies {
    compile fileTree(dir: 'libs', include: ['*.jar'])
    compile 'com.android.support:appcompat-v7:22.0.0'
}

参考ページ

http://forum.unity3d.com/threads/does-unity-support-using-aar-package-as-android-plugin-library.272776/