詰まったのでメモ
結論
sailsはejs-locals
を使用しているので、これに沿って書けばOK
layout.ejs
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<title><%= title %></title>
<!--STYLES-->
<!--STYLES END-->
<!--SCRIPTS-->
<!--SCRIPTS END-->
<%-scripts%>
<%-stylesheets%>
</head>
<body>
<%-body -%>
</body>
</html>
index.ejs
<% script('foo.js') -%>
<% stylesheet('foo.css') -%>
<div class="wraper">
ほげほげ
</div>
注意点
<!--STYLES-->
<!--STYLES END-->
や
<!--SCRIPTS-->
<!--SCRIPTS END-->
の間に
<%-scripts%>
<%-stylesheets%>
などを書くと、実行時に書き消されてしまうため注意です。