csvから取得した値を１件ずつ処理して出力

<?php 
    $lines = file('readfile.csv');

    $cnt = count($lines);//レコード数
    $i = 0;

    $fp = fopen('php://temp', 'w');//一時ファイル

    while($i<$cnt){
        $data = explode(',',$lines[$i]);

        //ここで色々な処理

        mb_convert_variables('SJIS-win', 'UTF-8', $data);//文字コード変換
        fputcsv($fp, array_values($data));//一時ファイルに１件書き出し

        ++$i;
    }

    rewind($fp);//ファイルポインタを先頭に戻す
    file_put_contents("outputfile.csv", stream_get_contents($fp));//出力
    fclose($fp);
 ?>

参考
PHPでCSVファイルの書き込みを行う方法
PHPで容量の大きいデータをCSV出力するときに工夫したこと