Singularityのインストール (v2)

概要

Singularityのインストール方法を2種類紹介します。

1. 最新の開発バージョンをインストールする
2. 特定のバージョンをインストールする

なお、本稿ではLinuxにインストールする方法を説明します。詳細については、公式ページを参照ください。

準備

必要なパッケージをインストールします。

sudo yum -y update
sudo yum -y groupinstall "Development Tools"
sudo yum -y install wget
sudo yum -y install squashfs-tools
sudo yum -y install libarchive-devel

sudoの権限設定を行います。singularityをsudoで実行可能とするためです。

sudo visudo

secure-pathという部分を以下のように変更します。

secure_path = /sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin

以前のバージョンがインストールされている場合には、それらの実行ファイルを削除する必要があります。初めてインストールする場合には、以下のコマンドは不要です。

sudo rm -rf /usr/local/libexec/singularity

操作

最新の開発バージョンをインストールする

公式ページのインストラクションはこちらを参照ください。

git clone https://github.com/singularityware/singularity.git
cd singularity
./autogen.sh
./configure --prefix=/usr/local
make
sudo make install

特定のバージョンをインストールする

最新の安定バージョンはGithubで確認できます。
version 2.4.2のインストールを行う場合は以下のようなコマンドとなります。

VERSION=2.4.2
wget https://github.com/singularityware/singularity/releases/download/$VERSION/singularity-$VERSION.tar.gz
tar xvf singularity-$VERSION.tar.gz
cd singularity-$VERSION
./configure --prefix=/usr/local
make
sudo make install

確認

正常にsingularityコマンドが使えることを確認します。--helpオプションを使い確認してみます。

singularity --help

以下のような出力が得られます。

USAGE: singularity [global options...] <command> [command options...] ...

GLOBAL OPTIONS:
    -d|--debug    Print debugging information
    -h|--help     Display usage summary
    -s|--silent   Only print errors
    -q|--quiet    Suppress all normal output
       --version  Show application version
    -v|--verbose  Increase verbosity +1
    -x|--sh-debug Print shell wrapper debugging information

GENERAL COMMANDS:
    help       Show additional help for a command or container                  
    selftest   Run some self tests for singularity install                      

CONTAINER USAGE COMMANDS:
    exec       Execute a command within container                               
    run        Launch a runscript within container                              
    shell      Run a Bourne shell within container                              
    test       Launch a testscript within container                             

CONTAINER MANAGEMENT COMMANDS:
    apps       List available apps within a container                           
    bootstrap  *Deprecated* use build instead                                   
    build      Build a new Singularity container                                
    check      Perform container lint checks                                    
    inspect    Display container's metadata                                     
    mount      Mount a Singularity container image                              
    pull       Pull a Singularity/Docker container to $PWD                      

COMMAND GROUPS:
    image      Container image command group                                    
    instance   Persistent instance command group                                


CONTAINER USAGE OPTIONS:
    see singularity help <command>

For any additional help or support visit the Singularity
website: http://singularity.lbl.gov/