1. 複数選択を可能にする

MultipleTableView.swift

// tableViewのisMultipleTouchEnabledをtrueにする
isMultipleTouchEnabled = true

これだけで複数選択が可能になる。

2. 選択状態がスクロールによって他のCellにズレない

Modelに選択状態を持って、その値を元にCellをinitする。
（R.swift使っております）

MultipleTableView.swift

func tableView(_ tableView: UITableView, cellForRowAt indexPath: IndexPath) -> UITableViewCell {
    let cell = tableView.dequeueReusableCell(
                         withIdentifier: R.reuseIdentifier.multipleTableViewCell.identifier, 
                         for: indexPath) as! MultipleTableViewCell
    cell.selectionStyle = .none
    cell.kind = kinds[indexPath.row]
    return cell
}

MultipleTableViewCell.swift

var kind: KindModel? {
    didSet {
       accessoryType = kind?.isSelected ?? false ? .checkmark : .none
       initLabel()
    }
}

選択状態のsetは次の 選択できる数に上限をつける と合わせて紹介します。

3. 選択できる数に上限をつける

選択状態に上限をつけるのは、TableViewに選択数のカウンタをつけるのが1番楽かなと思います。
もっとかっこいい方法はないかと考えたのですが、特に思いつきませんでした。。

MultipleTableView.swift

var selectedIndex: [Int] = []

func tableView(_ tableView: UITableView, didSelectRowAt indexPath: IndexPath) {
    if let row = selectedIndex.filter({ $0 == indexPath.row }).first {
        guard let removeIndex = selectedIndex.firstIndex(of: row) else { return }
        selectedIndex.remove(at: removeIndex)
        kinds[indexPath.row].isSelected.toggle()
        return
    }
    // 今回は上限を3にしました
    if selectedIndex.count > 2 { return }
    kinds[indexPath.row].isSelected.toggle()
    selectedIndex.append(indexPath.row)
}

これで上限の管理は完了です！

didDeselectRowAt 使いたかったけど、なぜか呼ばれなかった。
SOFにも同じような投稿がありましたが、解決ならずだったので諦めました。。