1,hoge,hoge,....
2,fuga,fuga,....
3,piyo,piyo,....

みたいなcsvを

1,hoge
1,hoge
.....
2,fuga
2,fuga
.....
3,piyo
3,piyo

みたいに置き換えます。

sample.sh

cat $1 | while read line
do
arr=( `echo ${line} | tr -s ',' ' '` )
for ((i=0; i < ${#arr[@]}-1; i++)) {
  echo "${arr[0]},${arr[$i+1]}"
}
done

↑のsample.shをどこかに保存して、実行してcsvファイルか何かに吐きだしてあげればOKです。
実行コマンドはこんな具合に。

実行

$ sh sample.sh hoge.csv >> fuga.csv