WHAT

Macのターミナルからhexファイルを直接ATmega328に書き込む。
hexファイルのArduinoIDEでの生成方法は下記記事から
[Mac]ArduinoIDEでHEXファイルを出力する

PURPOSE

大量生産したいけど、AtmelStudio使いたくない。
石だけ焼きゃいいんだよ！なんで治具なんざ作らなあかんのや！！

HOW

1. 下準備

Arduinoを2台使用します。
接続方法は下記記事と同じです。
ArduinoUnoを2台使ってブートローダを書き込む

また、前出の記事同様片方のArduinoに空のATmega328を載せ、もう片方のArduinoにはArduinoISPを書き込んでおきます。

2. ターミナルから書き込む

ターミナルを起動して、次のコマンドを打ちます。
sudo /Applications/Arduino.app/Contents/Java/hardware/tools/avr/bin/avrdude -C /Applications/Arduino.app/Contents/Java/hardware/tools/avr/etc/avrdude.conf -b 19200 -c avrisp -P /dev/tty.usbmodem1421 -p t2313 -e -U flash:w:/Applications/Arduino.app/temp/Blink.cpp.hex:i -F

必要に応じて変更してください。
第9引数のUSBデバイスの選択ですが、ArduinoISPが書き込まれたArduinoを選択してください。
ArduinoIDEのToolから表示名を見ることができます。
第14引数ですが、書き込むhexファイルを示します。
が、ファイル名の頭にはflash:w:をつけてください。