一応、私の動作環境です．

ubuntu 16.04.1 LTS

1. GitBucket を動かす

GitBucket の動作確認まで．

$ sudo apt-get install default-jre 
$ sudo apt-get install default-jdk

GitBucket の release ページで一番新しいやつを入れる．

$ wget https://github.com/gitbucket/gitbucket/releases/download/4.7.1/gitbucket.war

$ java -jar gitbucket.war

実行すると、 http://[hostname]:8080/ で確認することができる．

2. サーブレットコンテナ Tomcat で GitBucket を動かす

Apache Tomcat の 8.5.8 を入れる．

$ wget http://ftp.meisei-u.ac.jp/mirror/apache/dist/tomcat/tomcat-8/v8.5.8/bin/apache-tomcat-8.5.8.tar.gz
$ tar zxvf apache-tomcat-8.5.8.tar.gz

$ mv gitbucket.war apache-tomcat-8.5.8/webapps/

$ ~/apache-tomcat-8.5.8/bin/startup.sh

ちなみに終了は $ shutdown.sh.
実行すると、 http://[hostname]:8080/gitbucket で確認することができる．

デフォルトの場合
id: root
pass: root

右上アイコンから System administration をクリック．
サイドバーから System Settings を選択

Base URL の項目に入力する．
http://[hostname]:8080/gitbucket

SSH access で Enable SSH access to git repository にチェックを入れる．

SSHでアクセスするときに下のようになる．

ssh://git@[SSH Host]:[SSH Port]/[User]/[repository name].git

SSH Host は好きな名前で大丈夫．(たぶん
SSH Port はデフォルト値で大丈夫．
実はこのときすでにSSHに関する設定はすべて完了しているため、何らかの設定をする必要はない．

ssh-keygen によるカギの作成等は割愛．

ssh/config は以下のように設定する．

Host gitbucket
  User # ユーザー名
  Port 29418
  Hostname # ホスト名
  IdentitiesOnly yes 
  IdentityFile 秘密鍵の場所

$ ssh -T [Host]
GitBucket の AA が見れたら成功．