LambdaからS3のディレクトリ削除、正確にはS3にはディレクトリがないので同一prefixのオブジェクトの削除をするやり方です。
delete_objects.py
def lambda_handler(event, context):
s3 = boto3.resource('s3')
bucket = s3.Bucket('your_bucket_name')
bucket.objects.filter(Prefix="insert/prefix/name/").delete()
上記コードのバケット名とPrefixを環境に合わせて変更しましょう。またLambdaのロールにS3への削除権限が必要なのでそれも付与しておきましょう。
tipsですがやり方調べるのに時間がかかったり、冗長なやり方を多く見かけたので記事にしておきます。