はじめに
『時系列分析と状態空間モデルの基礎: RとStanで学ぶ理論と実装』を読みながら時系列分析を勉強していて、RStanをMacにインストールしました。
その時にInstalling RStan from source on a Macを参照しながらソースからインストールしたのですが、サイトの手順通りだとうまくいかなかったので、備忘録として書きます。
Macにインストールする時に躓いたこと
とりあえず上記サイトの通りに行いました。
(1) macOS R toolchain installerからインストーラを入手し、macOS R toolchainをインストール
(2) 古いRStanを削除し、また.RDataファイルも削除するため、Rで以下を実行
remove.packages("rstan")
if (file.exists(".RData")) file.remove(".RData")
(3) Rを再起動し、RStanのインストール
install.packages("rstan", type = "source")
ここでエラー発生。
どうもコマンドラインツールがないと言われているようだったんですが、Xcodeはインストール済みだし、macOS R toolchain installerが「XCode CLI」をインストールするとサイトにも書かれているし、変だなーと思いつつも、コマンドラインツールをインストールすべくターミナルで以下を実行。
xcode-select --install
そうして改めてRStanのインストールを実行したら、無事インストールできました。
後で気づいたこと
もしかして、そもそもソースからインストールする必要なかったかも？と今では思っています。
ただ、RStan Getting Started (Japanese)を参照しながら下記コマンドでインストールしたら、
install.packages('rstan', repos='https://cloud.r-project.org/', dependencies=TRUE)
インストール自体はできたものの、実際に使用した時にエラーが出てしまいました。
確かPermission Errorが出ていたと思います。もしかしたらこちらのサイトのように、まずclang-7をインストールしておけば良かったのかもしれません。
結局、私はソースからインストールして現在問題なく使える状態になりました。