目的

紙の書籍に線を引く要領で、Kindleにもハイライトを付けて読む癖があります。

この習慣は、短期的な見直しや手を動かす事に因る意識の集中の効果（記憶の効率化）のメリットはあると感じているのですが、如何せん、ある程度時間が経ってしまうと、過去のハイライトが邪魔くさく感じるケースも多々生じます。

そこで、ハイライトを一括削除すべく、Kindleネイティブの機能を探しました。

しかしながら、どうやらそういった機能が無いようで（驚愕）以下のKindlrカスタマーフォーラムのスレッド投稿を参考に、Chromeのインスペクターのコンソールから実行する妥協スクリプトを用意しました。
　http://www.amazon.com/forum/kindle?_encoding=UTF8&cdForum=Fx1D7SY3BVSESG&cdThread=Tx1VOUZGDAC2U9M

ハイライト一括削除の手順

ハイライトを消したい電子書籍で、ハイライトの追加（どこでもいい）
以下のリンクへ飛び、ログインすると最終更新したKindle図書のハイライト一覧が表示される
　https://kindle.amazon.com/your_highlights
Chromeで、[右クリック]→[検証（I）]→[Consoleタブ]の順に遷移
下記スクリプトをペースト実行し、すべて完了後に画面リロード

(function () {
    var buttons = document.querySelectorAll(".highlightRow .deleteHighlightForm button[name='delete']");
    var n = Math.min(buttons.length, 1000);
    console.log(n);
    for (var i = 0; i < n; i++) {
        console.log("Deleting " + i + " of " + n);
        buttons[i].click();
    }
})();

突貫用途のため、私の遭遇していない例外などにぶつかる可能性もあるので、あくまでご参考までに。
一回の削除を1000件に絞っています。