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Zotero で論文管理してみた話

Zotero を使い始めたので,自分自身の記録を兼ねて記事にしておく.ほかの論文管理ツールは様々あるが,それらとの比較は他の記事に譲ることにする.

以下の論文管理ツールの比較記事を参考に挙げておく

どうでもいい小話(折りたたみ)

上の記事と以下に続く本記事を読んでも,おそらく使ったことのない人は「どちらがいいのだろう?」と思うことだろう.

ハッキリ言ってしまえば,Mendeley が使いやすい.その理由は,Zotero のような細かい設定をいちいちする必要がないから.その点で,初めて論文管理ツールを使い始めるような人はMendeley が良いだろう.

私はZotero を使っているが,使っている理由は設定を頑張ってしたからだ.面倒な設定をしてしまえばMendeley と大差ない.(MendeleyZotero の両方を使ってみてどちらがいいか実際に試した結果こうなってしまった.)

なので,以上を踏まえて次のような人はZotero を使ってみると良いかも知れない.

  • 頑張って設定をしてみたい
  • Dropbox に論文を入れたい
  • Zotero の方がカッコよさそうと思う人
  • Mendeley は嫌だという人

まあ,理由は何でもいいけど.

さいごにでまたお気持ちを語っているので,設定とかを読み飛ばしたい人はぜひに.


○ 対象

  • Zotero で論文管理をしてみたい人
  • Zotero の使い方を知りたい人
  • 他の論文管理ツールと比較したい人(設定の面倒さが分かるよ)

また同じことを言っている気がするな.

○ 環境

Windows10
ブラウザ:Chrome

○ 必要なモノ

本記事ではDropboxを使用しているが,他のクラウドサービスでWebDAV を利用しても良いし,似たクラウドのOne Drive に替えるのも良い.置き換えて読んでほしい.

Zotero の基本的な構造/仕様

  • 論文のメタデータを読み取り,ローカルに保存.
  • メタデータ,論文PDF をクラウドに保存・共有.(Zotero にログイン済み)
  • 取り込んだ論文PDF のファイル名を論文タイトル(任意に変更可能)などに変更する.
  • BibTeX などで出力.
  • PDF をクラウドに保存(ZotFile の設定によるもの)

メタデータのローカル保存先は,$HOME$\Zotero\storage である.

デフォルトではCドライブに保存される.他のドライブに保存したい場合は,メニューバー編集>設定から,詳細>ファイルとフォルダデータ・ディレクトリの場所 の個人設定を好きなドライブ上のディレクトリに変更すればよい.

○ 設定

まず,必要なモノで挙げているものを準備する.また,Zotero に新規登録する.(ログインすることでメタデータを共有することが出来るようになる)

ZoteroZotFile をインポートする

Zotero のメニューバーから,ツール > アドオン に進み,歯車のアイコンからInstall Add-on From File をクリックし,ZotFile ファイルを選択する.インポートしたらZotero を再起動して,ツール > ZotFile Preferences があることを確認する.

Zotero の環境設定

メニューバーから編集 > 設定 から設定を行う.

以下で,取り込むファイルの保存先を設定する.保存先にDropbox を使用するので,\Dropbox\zotero というようにフォルダを一つ作っておくとよい.

一般 でファイルの取り扱いの設定

ファイルの取り扱い

  • ウェブページからアイテムを作成するときに自動的にスナップショットを作成する

  • アイテムを作成するときに自動的に関連PDF や他のファイルを添付する

  • 自動的にPDF のメタデータを取得する

  • 親アイテムのメタデータを使って自動的に添付ファイルを改名する

    • リンクされたファイルの名前を変更 PDF書類を開く:システムデフォルト

これより下のチェックボックスは,任意に設定すればよい.

Zotero-envi-settings-general.png

同期 でデータの同期の設定

新規登録したZotero のアカウントにログインし,

  • 自動的に同期
  • 全文を同期する

としておく.

Zotero-envi-settings-sync.png

詳細 の設定

ファイルとフォルダ から,基本ディレクトリを指定する.

ここで,基本ディレクトリは\Dropbox\zotero を指定しておく.

また,データ・ディレクトリの場所はデフォルトに設定しておく.個人設定でこれをDropbox に指定することもできるが,あまり推奨されていない方法のようである.

Zotero-envi-settings-details.png

ZotFile の設定

メニューバーからツール > ZotFile Preferences から設定を行う.

General Settings の設定

PDF ファイルの保存先を指定する.

  • Source Folder for Attaching New Files\Dropbox\zotero に設定する.
  • Location of FilesCustom Location で設定し,\Dropbox\zotero を指定する.

Use subfolder defined では,この\Dropbox\zotero 以下で論文を年代やジャーナルで自動的にフォルダ分けしてくれる.任意に設定しておく.

  • %a:著者名
  • %y:年代
  • %w:ジャーナル
  • %T:アイテムタイプ

年代で分けておいても良いのではないだろうか.例:/%y

ZotFile-preference.png

Renaming Rules の設定

PDF のファイル名を変更する設定が出来る.
Renaming Format

  • Use Zotero to Rename

Format for all item Types except Patents,Format for Patents でファイル名をどのように変更するか設定が出来る.デフォルトのままで問題ないと思うが,ユーザの好きなように変更する良い.Zotero のデフォルトの設定でRename させるかZotFile でRename させるかの差だと思っている.

Additional Settings
デフォルトのままで問題ないと思う.

Zotero に論文を取り込んでみよう

Chrome の拡張機能Zotero Connector で論文を取り込もう.

arXiv でダウンロードしたい論文があったら,Zotero Connector を用いて取り込めば良いだけ.

これでアラ不思議.
メタデータがZotero に取り込まれ,PDF のファイル名はRenaming Rulesにしたがって改名してくれる.

たまにエラーを吐くことがあるが,Zotero を起動してからもう一度取り込むと上手くいく.1

Zotero の拡張

日本語のBibTeX を生成する際に,どうやらおかしなことが生じるらしい(詳しくはよく知らない.というかBibTeX をまだよくわかっていない.)それを解消するプラグインがある.

Better BibTeX for Zotero :: Better BibTeX for Zotero

その他,Zotero のプラグインはZotero の公式サイトに一覧になっているので,良さそうなものがあれば導入すると良いだろう.

plugins [Zotero Documentation]

また,動作しなくなったプラグインに対しても言及されているので,どこかで見たプラグインを使う際には確認しておくと良いだろう.

plugins:unmaintained [Zotero Documentation]

○ さいごに

ここまで長々と設定手順を示したが,初めにも言ったようにMendeley で十分だ.私がZotero を選んだ理由も,ここまで設定をしたのだからありがたく使おうというだけなので,面倒であればMendeley でいい.ほんとに.

共有できる容量のことやメタデータの読み取り精度など比較する部分はさまざまあるのだろうけれど,どれもだいたい同じな気がするんだ.

ちなみに,スマホなどに共有する場合は,今回の場合Dropboxから直接見ることが出来ることは見当がつくだろう.
また,ZoteroMendeley もサードパーティ製のアプリがあるが,UIがあまり好きになれなかった.個人的にはDropbox で管理できる方が見やすくて良い.

好きな方を見つけてほしい.

ただ言えることは,早めに使うようにしておいた方が良い.遅かれ早かれ使うのなら,こんな設定とか慣れとかで時間を取られないように,早めに使いこなせるようにしておこう.

■ ちょっとだけMendeley に関すること

Mendeley はメタデータとPDF の両方をクラウド上に保存している.これって,Mendeley のサーバがイカれたら一時的にでも全部使えなくなるように思う.どこまでローカルで管理出来ているのか分からないから何とも言えないのだけれど...

上の記事ではPDF をDropbox に入れているのでDropbox がイカれたら使えなくなるのは同じだが,メタデータはローカルに保存している.この点ではメタデータを安全に管理できるし,ローカル側のメタデータが消えても,共有していればZotero サーバに保存されているので回復できる.メタデータがあれば,論文自体はすぐにarXiv からダウンロードできるので,それほど問題ではないだろう.

また,容量の点で,Zoteroは無料で300MBまで利用することが出来るが,メタデータは容量を食わないようだ.(真偽不明だが,storage容量を確認するといくつか入っているのに関わらず0MBになっている.参照:Zotero | Settings > Storage

あと,OverleafZoteroは対応していないらしい.Overleaf使っていないのであまりよく分からないが,そういうことらしい.
Overleafを使いたいが論文管理と一緒に行いたい場合には.Mendeleyを使った方が良いだろう.

実は違うのかな.間違っていたら,指摘してください.

追記

  • 2020/07/09 : 「Zotero の拡張」を加えました.2
  • 2020/08/04 : [ Zotero 論文 ]でググると上位に出てくることを確認しました.全力で(?)Mendeley をオススメしつつZotero の使い方を紹介する記事になっているけれど,Zotero の良さを主張する記事の方が良かったのかとも思い始めている.
  • 2020/09/15 : 見やすさを考慮して画像を追加しました.(画像のサイズ調整をしていないのでデカくて見づらいという話はある.)

  1. Dropbox をPC 起動時に起動しないように設定した状態でZotero Connector で取り込もうと思ったら,うまく取り込めなかった.どうやら,Dropbox を起動しておかないといけないらしい. 

  2. Zotero+BibTeXで参考文献の出力を自動化&論文の引用で出てきた順にソートする - Qiita」を読んで気付きました.ありがとうございます.使い方詳細も紹介されているので,ぜひ参照してください. 

Yarakashi_Kikohshi
2021年は更新されないトオモウ. 怪文書が多数アルネ. 情報の取捨選択大事ネ.
https://scrapbox.io/myTeXtips/
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