結論

各.encファイル内でvscodeによる自動改行が入っており、その改行のせいでうまく動いていない可能性があるのでVSCodeの設定を見直す

起こったこと

リモートリポジトリからpullした後にrailsコマンドを使用すると

ActiveSupport::MessageEncryptor::InvalidMessage

のエラーが出力されるようになりました。

まずこのエラーは

ActiveSupport::MessageEncryptor::InvalidMessage

本来セットになっているはずの暗号化されているファイル(hoge.yml.enc)とそれに対応するキー(hoge.key)が一致していないのが原因
扉の鍵穴と鍵が一致していないのが原因である。

今回起きたことは
vscodeの設定で自動で改行が入り、その改行のせいでファイルとキーが一致しなくなてしまっていた。

元々ymlファイルはインデントや改行に厳しいため、改行は入っているとそれもしっかり認識されてしまう。

VSCodeの設定を開く

「設定」に進む

検索窓に

insertFinalNewline

を入力

（チェックがついていれば）外す

これで自動で行末に改行が入らなくなり、ymlファイルが意図通りのymlファイルとして認識される。