jQueryをシンボリックリンクするのがいいと思いますがどうか？

1. ディレクトリをまるっと上書きするパターン

/var/www/html
    /index.html
    /js
        /jquery.js

index.html

<script type="text/javascript" src="/js/jquery.js"></script>

よくあるパターン。というか普通にjQueryを使用しようとするとこうなっていると思います。

メリット

シンプルで、簡単。
バージョンアップの度に、htmlを更新する必要がない。

デメリット

現在使用中のjQueryバージョンが分かりにくい。

2. バージョン名付きディレクトリにリンクするパターン

/var/www/html
    /index.html
    /js
        /jquery-1.11.1.js
        /jquery-2.24.js
        /jquery-3.5.1.js

index.html

<script type="text/javascript" src="/js/jquery-3.5.1.js"></script>

バージョンアップを経て、こうなったパターン。

メリット

使用中のjQueryバージョンが一目でわかる。
htmlページごとにjQueryのバージョンを変えることができる。（プラグインが対応していないなど、あえて古いバージョンを使用しなければいけない時とか）

デメリット

htmlを全て書き換える必要がある。

3. シンボリックリンクでリンクするパターン

/var/www/html
    /index.html
    /js
        /jquery-1.11.1.js
        /jquery-2.24.js
        /jquery-3.5.1.js
        /jquery.js --> jquery-3.5.1.js

index.html

<script type="text/javascript" src="/js/jquery.js"></script>

メリット

htmlの更新が原則不要。
ただし、前述のように個別にバージョンを変えたい場合にバージョン指定もできる。

デメリット

FTPでいじるコーダーが混在する場合、実ファイルで上書きされてしまう恐れがある（？）
.ftpignore 的な仕組みが欲しいけどそんなんある？
現在使用中のjQueryバージョンが分かりにくい。