事象発生経緯

> pnpm update -g

を実行した際にエラー発生：

Packages: +1
+
Packages are hard linked from the content-addressable store to the virtual store.
  Content-addressable store is at: /Users/<username>/Library/pnpm/store/v11
  Virtual store is at:             Library/pnpm/store/v11/links
Progress: resolved 1, reused 1, downloaded 0, added 1, done
[ENOENT] ENOENT: no such file or directory, open '/Users/<username>/Library/pnpm/global/v11/25ef-1a014794701-b45ad9b9ddfb6638/node_modules/@pnpm/exe/package.json'

pnpm: ENOENT: no such file or directory, open '/Users/<username>/Library/pnpm/global/v11/25ef-1a014794701-b45ad9b9ddfb6638/node_modules/@pnpm/exe/package.json'

直前で sudo npm update -g を実行してしまい、修復のために一旦丸ごと削除したが、一部参照が残ってしまったのが原因と考えられる。

環境

OS：macOS（Appleシリコン）
ターミナル：zsh
npm v12.0.2
pnpm v11.22.0

状態確認

1.バージョン確認 

pnpm --version

出力例：11.22.0

2.パッケージ存在確認 

brew list pnpm
brew info pnpm

出力例： 
/opt/homebrew/Cellar/pnpm/11.22.0/bin/pnpm 
pnpm ✔: stable 11.22.0 (bottled)

which pnpm

出力例：/opt/homebrew/bin/pnpm

3.グローバル依存確認 （今回の問題点）

pnpm list -g

Legend: production dependency, optional only, dev only 
/Users/<UserName>/Library/pnpm/global/v11 (PRIVATE)  │  │  
dependencies: └── @pnpm/exe@11.22.0

-->
@pnpm/exe@11.22.0 が Homebrew 管理の pnpm 本体とは別に global package として登録されてしまったようです。

修復方法

pnpm remove -g @pnpm/exe

結果確認

pnpm list -g
pnpm update -g

No global packages found が出力されていれば修復成功

そもそも `@pnpm/exe` とは?

Node.js のランタイムを内蔵した実行ファイル形式の pnpm CLI パッケージ。
システムに Node.js がインストールされていなくても pnpm を利用できるようにします。

なので、Node.js がインストールされているのであれば削除して構いません。
インストールされていない場合は

brew install node

を実行しておきましょう。