Nunjucksを使用時、Vue.jsのマスタッシュ記法が干渉してしまうので、{% raw %}{% endraw %}
で囲うことで、その中の全てはplan textとして出されます。
{% raw %}
<input v-model="ReferenceCode" placeholder="v-model" />
<p>メッセージ :{{ ReferenceCode }}</p>
{% endraw %}
Nunjucks offical site
上記に記載ありますので、参照ください。