(2016-04-24)公式の1.20アップデートで改善します。以下の手順は不要です。
初投稿です。見習いプログラマとしてのんびりJavascriptをRPGツクールMVで勉強しています。
憧れのマカーに転身し、Retinaディスプレイに頬ずりしたり家族相手にドヤリングを欠かさない（スタバに行く自信は無い）昨今です。
セットアップを終え、BootCampしたWindows下にRPGツクールMVをインストールし、胸を躍らせながらツクールを起動させたところ、ちょっとした問題にぶつかったので、解決手順をメモすることにしました。
RPGツクールMVのUIサイズが小さすぎる
使っているのがRetinaディスプレイなので、フルサイズの３分の２くらいが実際の大きさです。
俺の目を潰さんばかりの豆粒加減です。これはダメだ。
なんとかならんかと海外のフォーラムを適当に漁ってみました。
どうやら本体側で今後対応する予定らしいのですが、日本版がいつそのアップデートを拾ってくれるのかまったくわかりません。
ですが、同じところに一時的な打開策が書いてあり、それを実行したところ
こんな感じで、ひとまず改善しました。
解決に至るまでの手順を備忘録として書き残しておきます。
筆者の開発環境
使用しているPC：MacBook Pro 13インチ Retinaディスプレイモデル
OS：Windows10(BootCamp環境)
解像度：2560x1600
拡大率：200％
解決手順
Windows10でのみ解決を確認しています。
手順の中でレジストリをいじったりするので、当たり前ですが自己責任でお願いします。
・簡易手順
①manifestファイルを読み込むためにレジストリをいじる
②有志の作ったmanifestファイルをダウンロードし、リネームしてRPGMV.exeがあるフォルダに置く
③通常どおり起動して動作を確認する。
①レジストリをいじる
レジストリ編集前に必ずバックアップを取ってください。
（編集するキーを開いた状態で、変更を加える前にツールバーから「編集」→「エクスポート」）
・レジストリエディタの起動
「ファイル名を指定して実行（Win+R）」ウィンドウから regedit と入力し OK
・値を追加する
以下のキーに移動
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\SideBySide
ウィンドウ右の適当な空欄を右クリックし「新規」→「DWORD（32ビット）値」で値を作成
値の内容を以下のように設定
名前：PreferExternalManifest
値のデータ：1
（表記はどちらでも変わりません）
これでアプリ起動前に、存在すれば外部マニフェストを読み込むようになります。
②外部マニフェストのダウンロード
どうやら古いPhotoshopでも似たような問題が発生しているらしく、有志がmanifestファイルを配布しています。
これをそのままRPGツクールMVに流用します。
以下のサイトを開き、記事の下部にある「Photoshop.exe.manifest」をダウンロードします。
http://www.danantonielli.com/adobe-app-scaling-on-high-dpi-displays-fix/
ダウンロードしたmanifestファイルを「RPGMV.exe.manifest」に改名し、RPGMV.exeがあるフォルダと同じ場所に設置します。
（通常はC:\Program Files (x86)\KADOKAWA\RPGMV）
あとはいつもどおり起動し、各種UIが拡大されていることを確認してください。
（無理矢理Vista時代のスケーリングを適用しているので非常にジャギジャギしますが、それはしょうがないです）
あとがき
はしがきに書くべきかもしれませんが、僕はmanifestとかなにそれこわいレベルの人間ですので、この手順で解決する技術的な根拠が良くわかっていません。
なんか管理者権限の要求とか他アプリとの関係性とかを書く場所って程度しかわかりません。
もろもろ含めて目下勉強中です。
口を挟んでくれるやさしいおにいさんがいたら嬉しいです。
この記事が同じ症状で悩んでいる人達にとって少しでも助けになれば幸いです。