解決方法

同じ名前で何回もリモートビルドしていたのが原因。MAC側に前のターゲットファイルが有るよっていう事らしい。
/Users/MacUserName/UE4/Builds/WindowsPCname/C/Users/WindowsUserName/Documents/Unreal_Projects/Appname/Intermediate/ProjectFilesIOS/AppName.xcodeproj
が既に有ることが原因だった。
Windows側のプロジェクトフォルダにProjectFilesIOSなんてフォルダねーじゃん！って思ってたらこれMAC側のルートだったのね。MACでリモートビルド用フォルダを全部消せば直る。↑のルートの場合は

rm -rf /Users/MacUserName/UE4/Builds/WindowsPCname/C/Users/WindowsUserName/Documents/Unreal_Projects/*

をしてからまたビルドしてみよう！