概要
リファレンスゲノム配列について
ヒトやその他の生物のゲノム配列は個体ごとに異なります。しかしながら、基準となるゲノム配列をある程度決めておくことで、個人のゲノム配列における特異的な変異を定量的に評価することができます。
そこで、様々なゲノム配列をベースにすることで、その最大公約数的なゲノム配列を基準配列として決めたものを「リファレンスゲノム配列」と呼びます。
NGSの解析パイプラインに必要なリファレンスゲノム配列はどんなもの？
シーケンスデータ（fastqファイルなど）から得たリードが、ゲノムのどの領域に由来するかを推定するためには、以下２つのファイルが必要となります。
- リファレンスシークエンスデータ（対象生物におけるゲノムの塩基配列が記述されている）
- アノテーションデータ（遺伝子など、ゲノム上の位置が記述されている）
今回はlftpコマンドを利用し、ENSEMBLから上記のデータ2つをダウンロードします。
環境
私の実行環境は以下の通りです。
- MacBook Air (M1, 2020)
- macOS Monterey バージョン 12.3.1
- Homebrew バージョン 3.4.11
- LFTP バージョン 4.9.2
アノテーションファイルのダウンロード
lftpコマンドのインストール
まず、ファイルのダウンロードに用いるlftpをPCにインストールします。
今回はbrewコマンドを使ってインストールを行いました。
※Homebrewの事前インストールは各自でお願いします。
brew install lftp
Ensemblのサーバーへのアクセス
次に、アノテーションファイルをダウンロードするために、Ensemblにアクセスします。
このようにlftpコマンドを利用することで、ターミナルからEnsemblのサーバーにアクセスすることが可能になります。
lftp ftp.ensembl.org/pub/
すると、以下の出力結果が得られます。
出力結果はコチラ
cd 成功、cwd=/pub
lftp ftp.ensembl.org:/pub>
次に、lsコマンドを入力してディレクトリ内にあるファイルの一覧を確認します。
ls
すると、以下の出力結果が得られます。
出力結果はコチラ（2022/05/30当時）
drwxr-xr-x 2 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 IPI
-rwxr-xr-x 1 ftp ftp 0 May 01 2002 PLEASE_CHECK_THE_current_README_FILE
-rwxr-xr-x 1 ftp ftp 65632 Jul 26 2018 PRIVACY-NOTICE.pdf
-rwxr-xr-x 1 ftp ftp 1877 Oct 22 2007 README.32-46
drwxr-xr-x 5 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 assembly
drwxr-xr-x 9 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 assembly_mapping
-rwxr-xr-x 1 ftp ftp 2281952 Feb 07 2011 bamExample.bam
lrwxrwxrwx 1 ftp ftp 18 Apr 12 02:34 current_README -> release-106/README
lrwxrwxrwx 1 ftp ftp 26 Apr 12 02:34 current_assembly_chain -> release-106/assembly_chain
lrwxrwxrwx 1 ftp ftp 18 Apr 12 02:34 current_bamcov -> release-106/bamcov
lrwxrwxrwx 1 ftp ftp 15 Apr 12 02:34 current_bed -> release-106/bed
lrwxrwxrwx 1 ftp ftp 19 Apr 12 02:34 current_compara -> release-106/compara
lrwxrwxrwx 1 ftp ftp 22 Apr 12 02:34 current_data_files -> release-106/data_files
lrwxrwxrwx 1 ftp ftp 17 Apr 12 02:34 current_ebeye -> release-106/ebeye
lrwxrwxrwx 1 ftp ftp 16 Apr 12 02:34 current_embl -> release-106/embl
lrwxrwxrwx 1 ftp ftp 15 Apr 12 02:34 current_emf -> release-106/emf
lrwxrwxrwx 1 ftp ftp 17 Apr 12 02:34 current_fasta -> release-106/fasta
lrwxrwxrwx 1 ftp ftp 19 Apr 12 02:34 current_genbank -> release-106/genbank
lrwxrwxrwx 1 ftp ftp 16 Apr 12 02:34 current_gff3 -> release-106/gff3
lrwxrwxrwx 1 ftp ftp 15 Apr 12 02:34 current_gtf -> release-106/gtf
lrwxrwxrwx 1 ftp ftp 16 Apr 12 02:34 current_json -> release-106/json
lrwxrwxrwx 1 ftp ftp 15 Apr 12 02:34 current_maf -> release-106/maf
lrwxrwxrwx 1 ftp ftp 17 Apr 12 02:34 current_mysql -> release-106/mysql
lrwxrwxrwx 1 ftp ftp 22 Apr 12 02:34 current_ncbi_blast -> release-106/ncbi_blast
lrwxrwxrwx 1 ftp ftp 22 Apr 12 02:34 current_regulation -> release-106/regulation
lrwxrwxrwx 1 ftp ftp 21 Apr 12 02:34 current_solr_srch -> release-106/solr_srch
lrwxrwxrwx 1 ftp ftp 15 Apr 12 02:34 current_tsv -> release-106/tsv
lrwxrwxrwx 1 ftp ftp 21 Apr 12 02:34 current_variation -> release-106/variation
lrwxrwxrwx 1 ftp ftp 27 Apr 12 02:34 current_virtual_machine -> release-106/virtual_machine
lrwxrwxrwx 1 ftp ftp 15 Apr 12 02:34 current_xml -> release-106/xml
drwxr-sr-x 254 ftp ftp 32768 Mar 31 15:38 data_files
-rwxr-xr-x 1 ftp ftp 70370255 May 29 11:51 ensembl-api.tar.gz
drwxr-xr-x 3 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 functional_genomics
drwxrwxr-x 2 ftp ftp 4096 Jun 21 2017 gff3_so_terms_update
drwxr-xr-x 33 ftp ftp 4096 Apr 12 02:41 grch37
drwxr-xr-x 8 ftp ftp 4096 May 25 10:56 misc
drwxr-xr-x 5 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 misc-scripts
drwxr-xr-x 3 ftp ftp 4096 Oct 23 2018 papers
drwxr-xr-x 9 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 pre
drwxrwxr-x 4 ftp ftp 4096 May 13 12:08 rapid-release
drwxr-xr-x 24 ftp ftp 20480 Apr 28 2020 release-100
drwxrwxr-x 24 ftp ftp 4096 Aug 19 2020 release-101
drwxrwxr-x 24 ftp ftp 4096 Oct 26 2020 release-102
drwxrwxr-x 21 ftp ftp 4096 Feb 16 2021 release-103
drwxrwxr-x 23 ftp ftp 4096 Mar 30 2021 release-104
drwxr-sr-x 24 ftp ftp 4096 Feb 11 18:12 release-105
drwxrwxr-x 25 ftp ftp 8192 Apr 12 02:33 release-106
drwxr-xr-x 3 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-19
drwxr-xr-x 12 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-21
drwxr-xr-x 15 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-22
drwxr-xr-x 15 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-23
drwxr-xr-x 17 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-24
drwxr-xr-x 17 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-25
drwxr-xr-x 17 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-26
drwxr-xr-x 18 ftp ftp 4096 Feb 11 17:40 release-27
drwxr-xr-x 18 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-28
drwxr-xr-x 19 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-29
drwxr-xr-x 19 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-30
drwxr-xr-x 20 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-31
drwxr-xr-x 21 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-32
drwxr-xr-x 21 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-33
drwxr-xr-x 21 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-34
drwxr-xr-x 22 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-35
drwxr-xr-x 23 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-36
drwxr-xr-x 23 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-37
drwxr-xr-x 23 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-38
drwxr-xr-x 23 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-39
drwxr-xr-x 29 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-40
drwxr-xr-x 30 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-41
drwxr-xr-x 31 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-42
drwxr-xr-x 35 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-43
drwxr-xr-x 38 ftp ftp 8192 Dec 05 2016 release-44
drwxr-xr-x 39 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-45
drwxr-xr-x 40 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-46
drwxr-xr-x 9 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-47
drwxr-xr-x 8 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-48
drwxr-xr-x 8 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-49
drwxr-xr-x 9 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-50
drwxr-xr-x 9 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-51
drwxr-xr-x 9 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-52
drwxr-xr-x 9 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-53
drwxr-xr-x 10 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-54
drwxr-xr-x 10 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-55
drwxr-xr-x 11 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-56
drwxr-xr-x 10 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-57
drwxr-xr-x 10 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-58
drwxr-xr-x 10 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-59
drwxr-xr-x 11 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-60
drwxr-xr-x 11 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-61
drwxr-xr-x 12 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-62
drwxr-xr-x 12 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-63
drwxr-xr-x 13 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-64
drwxr-xr-x 13 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-65
drwxr-xr-x 14 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-66
drwxr-xr-x 15 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-67
drwxr-xr-x 15 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-68
drwxr-xr-x 15 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-69
drwxr-xr-x 15 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-70
drwxr-xr-x 15 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-71
drwxr-xr-x 15 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-72
drwxr-xr-x 15 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-73
drwxr-xr-x 16 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-74
drwxr-xr-x 16 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-75
drwxr-xr-x 17 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-76
drwxr-xr-x 17 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-77
drwxr-xr-x 17 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-78
drwxr-xr-x 17 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-79
drwxr-xr-x 17 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-80
drwxr-xr-x 18 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-81
drwxr-xr-x 18 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-82
drwxr-xr-x 19 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-83
drwxr-xr-x 20 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-84
drwxr-xr-x 23 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-85
drwxr-xr-x 22 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 release-86
drwxr-xr-x 22 ftp ftp 4096 Mar 28 2017 release-87
drwxr-sr-x 22 ftp ftp 4096 Jun 01 2017 release-88
drwxr-xr-x 24 ftp ftp 4096 Jun 01 2017 release-89
drwxr-xr-x 24 ftp ftp 4096 Sep 11 2017 release-90
drwxr-xr-x 24 ftp ftp 4096 Dec 11 2017 release-91
drwxr-xr-x 25 ftp ftp 4096 Jul 02 2018 release-92
drwxr-xr-x 26 ftp ftp 4096 Sep 28 2018 release-93
drwxr-xr-x 25 ftp ftp 28672 Oct 18 2018 release-94
drwxr-xr-x 24 ftp ftp 4096 Jan 09 2019 release-95
drwxr-xr-x 25 ftp ftp 4096 Apr 10 2019 release-96
drwxr-xr-x 25 ftp ftp 4096 Jun 12 2019 release-97
drwxr-xr-x 24 ftp ftp 4096 Dec 03 2019 release-98
drwxr-sr-x 23 ftp ftp 12288 Jan 16 2020 release-99
drwxr-xr-x 9 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 repository
drwxr-xr-x 2 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 traces
drwxr-xr-x 13 ftp ftp 4096 Feb 26 2018 vega
drwxr-xr-x 3 ftp ftp 4096 Dec 05 2016 workshops
出力結果を確認すると、この時の最新のデータは「drwxrwxr-x 25 ftp ftp 8192 Apr 12 02:33 release-106」であることがわかります。よって、「release-106」へディレクトリを変更します。
cd release-106
すると、このような出力結果が得られ、ディレクトリを変更できたことがわかります。
lftp ftp.ensembl.org:/pub/release-106>
そしてさらにlsコマンドを入力して、ディレクトリ内にあるファイルの一覧を確認します。
ls
すると、以下の出力結果が得られます。
出力結果はコチラ（2022/05/30当時）
-rwxr-xr-x 1 ftp ftp 6666 Mar 31 09:57 README
drwxr-sr-x 7 ftp ftp 4096 Feb 17 20:22 assembly_chain
drwxrwxr-x 249 ftp ftp 32768 Apr 08 06:03 bamcov
drwxr-sr-x 3 ftp ftp 4096 Feb 01 08:57 bed
drwxr-sr-x 4 ftp ftp 4096 Feb 01 09:00 compara
drwxrwxr-x 249 ftp ftp 32768 Apr 08 06:03 data_files
drwxr-sr-x 4 ftp ftp 4096 Apr 07 08:41 dump_hash
drwxr-sr-x 313 ftp ftp 36864 Feb 23 11:19 ebeye
drwxr-sr-x 314 ftp ftp 40960 Mar 05 05:40 embl
drwxr-sr-x 3 ftp ftp 4096 Feb 01 08:57 emf
drwxrwxr-x 315 ftp ftp 40960 Mar 04 03:59 fasta
drwxr-sr-x 314 ftp ftp 40960 Mar 05 07:11 genbank
drwxr-sr-x 314 ftp ftp 40960 Mar 05 09:19 gff3
drwxr-sr-x 314 ftp ftp 40960 Mar 04 22:50 gtf
drwxr-sr-x 314 ftp ftp 36864 Feb 21 17:39 json
drwxr-sr-x 3 ftp ftp 4096 Feb 01 08:57 maf
drwxr-sr-x 856 ftp ftp 135168 Mar 04 10:06 mysql
drwxr-sr-x 4 ftp ftp 4096 Feb 16 19:47 ncbi_blast
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 71 Mar 17 10:41 new_genomes.txt
drwxr-xr-x 5 ftp ftp 4096 Dec 03 15:55 regulation
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 71 Mar 17 10:41 removed_genomes.txt
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 175 Mar 17 10:41 renamed_genomes.txt
drwxr-xr-x 2 ftp ftp 4096 Apr 06 11:26 solr_srch
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 49223 Mar 17 10:41 species_EnsemblVertebrates.txt
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 2649109175 Mar 17 10:42 species_metadata_EnsemblVertebrates.json
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 1428134069 Mar 17 10:42 species_metadata_EnsemblVertebrates.xml
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 747 Mar 17 10:41 summary.txt
drwxr-sr-x 315 ftp ftp 36864 Mar 18 06:19 tsv
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 41052 Mar 17 10:41 uniprot_report_EnsemblVertebrates.txt
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 841 Mar 17 10:41 updated_annotations.txt
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 318 Mar 17 10:41 updated_assemblies.txt
drwxr-sr-x 6 ftp ftp 4096 Mar 24 18:59 variation
drwxrwsr-x 2 ftp ftp 4096 Jan 17 16:18 virtual_machine
drwxr-sr-x 3 ftp ftp 4096 Feb 01 08:57 xml
fastaファイルのダウンロード
ここで必要なアノテーションファイルは「fastaファイル」と「gtfファイル」の2種類です。
まず、「fastaファイル」をダウンロードします。
これまでと同様に、cdコマンドを使用してfastaへディレクトリを変更します。
cd fasta
すると、このような出力が得られ、ディレクトリを変更できたことがわかります。
#以下、出力結果（2022/05/30当時）
lftp ftp.ensembl.org:/pub/release-106/fasta>
そしてさらにlsコマンドを入力して、ディレクトリ内にあるファイルの一覧を確認します。
ls
すると、以下の出力結果が得られます。
出力結果はコチラ（2022/05/30当時）
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 22 11:22 acanthochromis_polyacanthus
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 23 00:15 accipiter_nisus
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 21 10:02 ailuropoda_melanoleuca
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 21 09:35 amazona_collaria
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 21 15:28 amphilophus_citrinellus
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 21 09:16 amphiprion_ocellaris
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 21 09:58 amphiprion_percula
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 21 09:24 anabas_testudineus
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 26 12:15 anas_platyrhynchos
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 22 18:25 anas_platyrhynchos_platyrhynchos
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 21 09:14 anas_zonorhyncha
drwxrwxr-x 2 ftp ftp 4096 Mar 22 08:23 ancestral_alleles
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 21 09:14 anolis_carolinensis
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 21 09:58 anser_brachyrhynchus
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 21 23:38 anser_cygnoides
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 21 08:55 aotus_nancymaae
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 21 10:25 apteryx_haastii
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 21 09:01 apteryx_owenii
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 26 07:05 apteryx_rowi
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 26 21:41 aquila_chrysaetos_chrysaetos
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 21 09:20 astatotilapia_calliptera
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 26 12:24 astyanax_mexicanus
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 21 09:47 astyanax_mexicanus_pachon
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 26 02:48 athene_cunicularia
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 26 20:08 balaenoptera_musculus
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 21 08:42 betta_splendens
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 21 10:26 bison_bison_bison
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 27 07:04 bos_grunniens
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 21 09:12 bos_indicus_hybrid
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 24 21:32 bos_mutus
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 21 09:01 bos_taurus
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 21 09:50 bos_taurus_hybrid
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 23 01:55 bubo_bubo
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 26 02:28 buteo_japonicus
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Sep 29 2021 caenorhabditis_elegans
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 21 09:20 cairina_moschata_domestica
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 21 09:24 calidris_pugnax
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 25 23:07 calidris_pygmaea
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 27 19:27 callithrix_jacchus
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 26 11:25 callorhinchus_milii
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 22 13:06 camarhynchus_parvulus
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 21 08:45 camelus_dromedarius
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 24 04:22 canis_lupus_dingo
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 22 11:08 canis_lupus_familiaris
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 23 04:11 canis_lupus_familiarisbasenji
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 22 20:38 canis_lupus_familiarisboxer
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 22 20:25 canis_lupus_familiarisgreatdane
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 21 10:08 capra_hircus
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 24 08:06 capra_hircus_blackbengal
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 24 14:58 carassius_auratus
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 21 09:40 carlito_syrichta
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 24 20:14 castor_canadensis
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 21 08:59 catagonus_wagneri
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drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 21 09:53 sus_scrofa_landrace
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 23 06:04 sus_scrofa_largewhite
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 21 09:35 sus_scrofa_meishan
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 21 10:15 sus_scrofa_pietrain
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 21 09:54 sus_scrofa_rongchang
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 22 22:12 sus_scrofa_tibetan
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 21 08:49 sus_scrofa_usmarc
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 23 03:00 sus_scrofa_wuzhishan
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 23 09:57 taeniopygia_guttata
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 24 22:26 takifugu_rubripes
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 21 09:38 terrapene_carolina_triunguis
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 21 16:22 tetraodon_nigroviridis
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 21 10:06 theropithecus_gelada
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 23 20:15 tupaia_belangeri
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 21 09:53 tursiops_truncatus
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 21 09:53 urocitellus_parryii
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 22 16:05 ursus_americanus
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 21 09:11 ursus_maritimus
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 21 08:53 ursus_thibetanus_thibetanus
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 21 09:30 varanus_komodoensis
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 26 01:40 vicugna_pacos
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 23 15:55 vombatus_ursinus
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 23 03:39 vulpes_vulpes
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 21 09:40 xenopus_tropicalis
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 26 14:12 xiphophorus_couchianus
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 23 20:24 xiphophorus_maculatus
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 23 00:40 zalophus_californianus
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 21 10:21 zonotrichia_albicollis
drwxr-sr-x 8 ftp ftp 4096 Feb 21 08:53 zosterops_lateralis_melanops
ここで、必要な生物種を選択します。今回はディレクトリ内の一覧から「homo_sapiens」を選択します。
cd homo_sapiens
すると、このような出力が得られ、ディレクトリを変更できたことがわかります。
以下、出力結果（2022/05/30当時）
lftp ftp.ensembl.org:/pub/release-106/fasta/homo_sapiens>
そしてさらにlsコマンドを入力して、ディレクトリ内にあるファイルの一覧を確認します。
ls
すると、以下の出力結果が得られます。
出力結果はコチラ（2022/05/30当時）
#以下、出力結果（2022/05/30当時）
drwxr-sr-x 2 ftp ftp 4096 Mar 05 13:17 cdna
drwxr-sr-x 2 ftp ftp 4096 Mar 05 13:17 cds
drwxr-sr-x 2 ftp ftp 20480 Mar 05 13:17 dna
drwxr-sr-x 2 ftp ftp 4096 Mar 05 13:18 dna_index
drwxr-sr-x 2 ftp ftp 4096 Mar 05 13:18 ncrna
drwxr-sr-x 2 ftp ftp 4096 Mar 05 13:18 pep
次に、「20480 Mar 05 13:17 dna」を選択します。
cd dna
すると、このような出力が得られ、ディレクトリを変更できたことがわかります。
#以下、出力結果（2022/05/30当時）
lftp ftp.ensembl.org:/pub/release-106/fasta/homo_sapiens/dna>
そして、さらにlsコマンドを入力して、ディレクトリ内にあるファイルの一覧を確認します。
ls
すると、以下の出力結果が得られます。
出力結果はコチラ（2022/05/30当時）
-rw-rw-r-- 1 ftp ftp 5010 Mar 05 13:18 CHECKSUMS
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 226443084 Feb 21 09:31 Homo_sapiens.GRCh38.dna.alt.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 69273468 Feb 21 09:30 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.1.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 40015021 Feb 21 09:31 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.10.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 40108352 Feb 21 09:31 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.11.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 39795542 Feb 21 09:31 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.12.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 29525452 Feb 21 09:31 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.13.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 27164419 Feb 21 09:32 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.14.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 25214767 Feb 21 09:31 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.15.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 24238195 Feb 21 09:32 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.16.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 24104573 Feb 21 09:32 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.17.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 23296059 Feb 21 09:32 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.18.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 16689382 Feb 21 09:32 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.19.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 72794281 Feb 21 09:32 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.2.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 18833053 Feb 21 09:32 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.20.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 11787503 Feb 21 09:32 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.21.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 11389810 Feb 21 09:32 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.22.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 59761837 Feb 21 09:33 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.3.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 57378450 Feb 21 09:33 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.4.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 54485176 Feb 21 09:33 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.5.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 51500559 Feb 21 09:33 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.6.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 47416846 Feb 21 09:33 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.7.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 43616650 Feb 21 09:33 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.8.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 36536025 Feb 21 09:33 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.9.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 5400 Feb 21 09:33 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.MT.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 46167328 Feb 21 09:34 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.X.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 7104682 Feb 21 09:33 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.Y.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 3008586 Feb 21 09:34 Homo_sapiens.GRCh38.dna.nonchromosomal.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 881211416 Feb 21 09:35 Homo_sapiens.GRCh38.dna.primary_assembly.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 1107654500 Feb 21 09:37 Homo_sapiens.GRCh38.dna.toplevel.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 204247265 Feb 21 09:38 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.alt.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 38036913 Feb 21 09:38 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.1.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 22587098 Feb 21 09:38 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.10.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 21811520 Feb 21 09:38 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.11.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 21448778 Feb 21 09:38 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.12.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 16776998 Feb 21 09:38 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.13.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 14965313 Feb 21 09:38 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.14.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 14125892 Feb 21 09:38 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.15.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 13433659 Feb 21 09:38 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.16.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 13565324 Feb 21 09:38 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.17.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 13240183 Feb 21 09:39 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.18.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 8069398 Feb 21 09:39 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.19.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 41337614 Feb 21 09:39 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.2.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 10123676 Feb 21 09:39 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.20.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 6538169 Feb 21 09:39 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.21.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 6234675 Feb 21 09:39 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.22.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 32846768 Feb 21 09:39 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.3.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 31073927 Feb 21 09:39 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.4.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 29911418 Feb 21 09:39 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.5.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 28817962 Feb 21 09:39 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.6.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 26149255 Feb 21 09:39 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.7.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 23924999 Feb 21 09:39 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.8.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 20121379 Feb 21 09:39 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.9.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 5379 Feb 21 09:39 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.MT.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 20442186 Feb 21 09:39 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.X.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 3067209 Feb 21 09:39 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.Y.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 1246149 Feb 21 09:39 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.nonchromosomal.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 479901841 Feb 21 09:40 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.primary_assembly.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 684149106 Feb 21 09:42 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.toplevel.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 229339954 Feb 21 09:43 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.alt.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 74056086 Feb 21 09:43 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.1.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 42757987 Feb 21 09:43 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.10.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 42883046 Feb 21 09:44 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.11.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 42543641 Feb 21 09:44 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.12.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 31600807 Feb 21 09:44 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.13.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 29024227 Feb 21 09:44 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.14.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 26934910 Feb 21 09:44 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.15.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 25871516 Feb 21 09:44 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.16.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 25642373 Feb 21 09:44 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.17.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 24904627 Feb 21 09:44 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.18.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 17684244 Feb 21 09:44 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.19.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 77894146 Feb 21 09:44 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.2.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 20123001 Feb 21 09:44 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.20.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 12587949 Feb 21 09:44 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.21.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 12119175 Feb 21 09:44 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.22.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 63951273 Feb 21 09:45 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.3.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 61426457 Feb 21 09:44 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.4.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 58295463 Feb 21 09:45 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.5.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 55104445 Feb 21 09:45 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.6.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 50653849 Feb 21 09:45 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.7.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 46659326 Feb 21 09:45 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.8.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 39067898 Feb 21 09:45 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.9.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 5485 Feb 21 09:45 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.MT.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 49173210 Feb 21 09:45 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.X.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 7536276 Feb 21 09:45 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.Y.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 3182654 Feb 21 09:45 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.nonchromosomal.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 941684071 Feb 21 09:47 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.primary_assembly.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 1171024025 Feb 21 09:48 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.toplevel.fa.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 4988 Feb 21 09:30 README
上記のファイルの中から、「Homo_sapiens.GRCh38.dna.primary_assembly.fa.gz」をダウンロードします。
ダウンロードにはftpのgetコマンドを使用します。
ファイルの容量が大きいため、少し時間がかかりますが、気長に待ちましょう。
get Homo_sapiens.GRCh38.dna.primary_assembly.fa.gz
gtfファイルのダウンロード
ダウンロードが終われば、次に「gtfファイル」を取得します。
ここでは「fastaファイル」と同様に、homo_sapiensのアノテーションファイルをダウンロードしたいので、以下のcdコマンドで一気に目的のディレクトリまで移動します。
lftp ftp.ensembl.org/pub/release-95/gtf/homo_sapiens
すると、このような出力が得られ、ディレクトリを変更できたことがわかります。
#以下、出力結果（2022/05/30当時）
lftp ftp.ensembl.org:/pub/release-95/gtf/homo_sapiens>
そしてさらにlsコマンドを入力して、ディレクトリ内にあるファイルの一覧を確認します。
ls
すると、以下の出力結果が得られます。
出力結果はコチラ（2022/05/30当時）
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 221 Nov 29 2018 CHECKSUMS
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 3399100 Nov 25 2018 Homo_sapiens.GRCh38.95.abinitio.gtf.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 43661749 Nov 25 2018 Homo_sapiens.GRCh38.95.chr.gtf.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 47682925 Nov 25 2018 Homo_sapiens.GRCh38.95.chr_patch_hapl_scaff.gtf.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 43668708 Nov 25 2018 Homo_sapiens.GRCh38.95.gtf.gz
-rw-r--r-- 1 ftp ftp 10093 Nov 25 2018 README
「fastaファイル」のダウンロード時と同様にgetコマンドを使用し、「Homo_sapiens.GRCh38.95.gtf.gz」をダウンロードします。
get Homo_sapiens.GRCh38.95.gtf.gz
ダウンロードが完了したら、exitコマンドを使用してlftpサーバーへの接続を解除します。
exit
圧縮ファイルの解凍
ダウンロードした2つのファイルは圧縮されていますので、gunzipコマンドで圧縮ファイルを解凍します。
※cdコマンドでダウンロード先へディレクトリを変更することを忘れないでください。
# ダウンロードした2つのファイルを解凍する
gunzip Homo_sapiens.GRCh38.dna.primary_assembly.fa.gz
gunzip Homo_sapiens.GRCh38.95.gtf.gz
どうもお疲れ様でした。