markerRoot = new THREE.Group() を使っているのは、AR.js のマーカー検出結果を「まとめて受け止める”空のコンテナ”」として機能させるためです。詳しく分解すると…

マーカー座標系の原点を作る
- ArMarkerControls は「マーカーを見つけたら、その位置・向きの変換行列（model‐view 行列）を指定のオブジェクトにコピーする」仕組みです。
- 直接 scene や camera にコピーするとシーン全体やカメラの挙動がおかしくなるので、まずは “何も描かれていない空の Object3D” に書き込みます。
複数のメッシュを一括管理できる
- THREE.Group は子オブジェクトを複数持てるコンテナです。
- markerRoot.add(meshA, meshB, …) のように、マーカー上に表示したいモデル（立方体や glTF、UI など）をまとめて markerRoot の子にぶら下げれば、 → markerRoot の行列更新だけで 中のすべての子メッシュ が一斉に正しい位置・角度に動きます。
シーン構造をシンプルに保つ
- Group を使わずに、いきなり scene.add(mesh) をしてしまうと、マーカーが見えないときでもオブジェクトがちらついたり、座標系の切り替え処理が複雑になります。
- markerRoot.visible を使えば「マーカー未検出時は markerRoot 以下をまるごと非表示にする」なども簡単に制御できます。

まとめ

markerRoot（THREE.Group）＝マーカーの座標系（原点）
ArMarkerControls → markerRoot.matrix を更新
markerRoot の子に追加したモデル群が「マーカーにくっついて動く」

という役割分担にすることで、シーン／カメラ本体には手を入れずに、マーカーに連動したコンテンツだけをグルーピングして管理できるようになるわけです。
ほぼそのとおりです。

厳密には、markerRoot 自体が「マーカー検出結果を書き込まれるオブジェクト（＝ArMarkerControls が行列を設定するターゲット）」で、その下に「実際に表示したいメッシュやモデル」をぶら下げるイメージです。

ArMarkerControls が起動時に登録された markerRoot の行列（markerRoot.matrix）を、毎フレーム「検出されたマーカーの位置・向き」に書き換え
その結果として、
```
markerRoot.add( yourMesh );  // 例えばこんな感じで
```
でぶら下がった yourMesh は自動的に「マーカーに追従して動く」

──という順序になります。ですので「①マーカー検出結果をどうオブジェクトに反映させるか」は markerRoot 自体の役割、「②表示するオブジェクト」はその子要素、という扱いで正しい理解です。

　たとえば、以下のように具体的な数値を使って考えてみましょう。

例：マーカー検出結果から得られる `markerRoot.matrix`

AR.js 側でマーカーを検出すると、以下のようなワールド変換行列（4×4）が markerRoot.matrix にセットされたとします。


R₁₁ = cos 45° ≈ 0.707	0	R₁₃ = sin 45° ≈ 0.707	Tₓ = 0.2
0	1	0	Tᵧ = 0.1
R₃₁ = –sin 45° ≈ –0.707	0	R₃₃ = cos 45° ≈ 0.707	T_z = –1.3
0	0	0	1

ここで回転は Y 軸まわりに 45°（マーカー面がやや横を向いている）
並進（Tₓ, Tᵧ, T_z）はマーカー原点がワールド（カメラ座標系）上の (0.2, 0.1, –1.3) にある

`markerRoot` の子オブジェクト（メッシュ）の配置例

1. 子メッシュをマーカー原点に置く

// ローカル座標で (0, 0.5, 0)＝マーカーの真上 0.5m
cube.position.set(0, 0.5, 0);
markerRoot.add(cube);

ワールド座標 は

x = Tₓ + (0.707 * 0 + 0.707 * 0) = 0.2  
y = Tᵧ +      1 * 0.5        = 0.1 + 0.5 = 0.6  
z = T_z + (–0.707 * 0 + 0.707 * 0) = –1.3

→ (0.2, 0.6, –1.3) にキューブが置かれる

2. 子メッシュをマーカー原点の右側に 1mずらす

// ローカル座標で (1, 0, 0)＝マーカー右側 1m
cube2.position.set(1, 0, 0);
markerRoot.add(cube2);

ワールド座標 は

x = Tₓ + (0.707 * 1 + 0.707 * 0) = 0.2 + 0.707 = 0.907  
y = Tᵧ +      1 * 0          = 0.1  
z = T_z + (–0.707 * 1 + 0.707 * 0) = –1.3 – 0.707 = –2.007

→ (0.907, 0.1, –2.007) にキューブ２が置かれる

なぜ `Group()` が必要か、振り返り

マーカーの回転・平行移動（上の R, T）をまず markerRoot.matrix に一括で設定
その下にぶら下がっているすべての 子オブジェクト（cube, cube2 …） が
- ローカル座標で指定した (x, y, z) を
- 上記行列でワールド座標に変換され
自動的に「マーカーに対する相対位置」を保ったまま動きます。

具体的な流れ

AR.js → markerRoot.matrix = 上の回転＋並進行列
Three.js → markerRoot.updateMatrixWorld() により、
- 各子オブジェクトのワールド行列が markerRoot.matrix * 子オブジェクト.matrix として計算
レンダラー → それぞれのワールド行列から画面に投影

――というわけで、「① マーカー検出結果（R,T）を書き込むのが markerRoot」「② その下に置いたメッシュが具体的に描画される」 という役割分担だ、という実感が掴めると思います。