前提

このようなVariantsの状況であるとします。

.gradle

android{
    buildTypes{
        debug{...}
        release{...}
    }
    flavorDimensions "number", "alphabet"
    productFlavors{
        one{
            dimension "number"
        }
        two{
            dimension "number"
        }
        alpfa{
            dimension "alphabet"
        }
        beta{
            dimension "alphabet"
        }
    }
}

これでsyncすると以下のようなパターンが出力されますね

oneAlphaDebug
oneAlphaRelease
oneBetaDebug
oneBetaRelease
twoAlphaDebug
twoAlphaRelease
twoBetaDebug
twoBetaRelease

優先度

モジュール

この状態でモジュール直下にvariants用のディレクトリを作成すると、該当variantsが指定された際に優先的に読み込ませることができます。

ex)
project/app/src/main/java/Util.kt
↓
project/app/src/debug/java/Util.kt -> 「〇〇Debug」variantsの時に優先される
project/app/src/release/java/Util.kt -> 「〇〇Release」variantsの時に優先される

flavorと組み合わせた際の優先度は以下になります

src/oneDebug/ (flavor1 + buildType)
src/alphaDebug/ (flavor2 + buildType)
src/debug/ (buildType)
src/one/ (flavor1)
src/alpha/ (flavor2)
(src/main/ (main))

/mainの優先度はresファイルを置いた時のみです
/mainとのクラス重複はビルドエラーになるので、正しく分けましょう

dependencies

flavor or buildType +"implementation" で指定できます

implementation "aaa" -> 全てのvariantsで読み込まれる
debugImplementation "aaa" -> 「〇〇Debug」varantsでのみ読み込まれる
oneImplementation "aaa" -> 「one〇〇」varantsでのみ読み込まれる
alphaImplementation "aaa" -> 「〇〇alpha〇〇」varantsでのみ読み込まれる
oneDebugImplementation "aaa" -> ×

注意すべきなのは
flavorとbuildTypeはそれぞれ一つしか指定できないことです。
(もしかしたら出来るかも...指定方法あれば教えてほしいです)

filter

「twoAlphaはデバッグ専用のvariantsなので、「twoAlphaRelease」variantsはいらない。表示したくない。」という場合

gradle7.0から以下のように書けば対応できます。

.gradle

android{
    buildTypes{...}
    buildFlavors{...}
    androidComponents {
            beforeVariants(selector().all()) { variantBuilder ->
                def isRelease = variantBuilder.buildType == "release"
                def isTwo = variantBuilder.productFlavors[0].second == "two"
                def isAlpha = variantBuilder.productFlavors[1].second == "alpha"
                if (isRelease && isTwo && isAlpha) {
                    variantBuilder.enabled = false
                }
            }
        }
}

参考

https://developer.android.com/studio/build/build-variants?hl=ja#filter-variants
https://stackoverflow.com/q/67330818