WinMerge のファイルフィルタでフォルダ除外の設定は以下のように記述します。

d: \\Test$

しかし上記のように書いても効かない場合があります。フォルダ内のファイルは比較されませんが、フォルダ自体は、その「有無」により「差異がある」とされるのです。

その場合、「編集」メニューの「設定...」でオプション画面を表示し、カテゴリ「比較 > フォルダ」の「片方にしか存在しないサブフォルダ内も含める」にチェックを入れ、「OK」をクリックします。