iOS9においてiPhone専用アプリをiPadで起動すると、アプリのリサイズが正しく行われないようです。下記のコードを追加すると解消されます。
AppDelegate.m
@synthesize window;
@synthesize mainController;
-(BOOL) application:(UIApplication *)application didFinishLaunchingWithOptions:(NSDictionary*)launchOptions
{
BOOL ret = NO;
window.rootViewController = mainController;
// 下記の一行を追加
mainController.view.frame = [[UIScreen mainScreen] bounds];
[window addSubview:mainController.view];
[window makeKeyAndVisible];
return ret;
}