前提APIバージョン　52.0

結論

フローの「変更済み」はどちらの状態でもTrueとなるが、
プロセスビルダーの「変更済み」は未入力から入力済みの場合はFalseとなり、
入力内容が変更された場合のみTrueとなる。

表にすると以下の通り。

	未入力->入力済み	入力済み->入力内容変更
プロセスビルダー	False	True
フロー	True	True

この差異が元からなのかバージョンが原因なのかはわかりません。

おまけ

試した処理の流れは以下の通り

処理２の実行条件を直感的に書くとこうなる。

and(
    ISPICKVAL( [ParentObj__c].Status__c  , "Stage3") ,
    ISCHANGED([ParentObj__c].SubContact__c ) 
)

しかしプロセスビルダーでは動かない。
数式でもプルダウンによる条件設定の方で「変更済み」を使っても動かない。

では、フローで同じ条件ならどうなるか？

なんと動くのだ。

当初はフローとプロセスビルダーの混在環境が原因と思い、プロセスビルダーのみで作っても再現したために冒頭の結論が原因では？と行き当たり、試してみたらまさかのビンゴでした。