修正前のコード(ぼやける)

index.html

<html>

<head>
    <link rel="stylesheet" href="index.css" />

    <!-- jQueryの読み込み -->
    <script src="https://code.jquery.com/jquery-3.5.1.min.js"></script>

    <!--pixi.js読み込み-->
    <script type="text/javascript" src="https://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/pixi.js/5.0.1/pixi.min.js"></script>
</head>

<body>
    <div id="app"></div>
    <script type="text/javascript" src="index.js"></script>
</body>

</html>

index.js

window.addEventListener('load', () => {
    let app = new PIXI.Application({
        width: 256,
        height: 192,
        backgroundColor: 0xcccccc,
    });

    app.stage.x = app.screen.width / 2;
    app.stage.y = app.screen.height / 2;
    $('#app').append(app.view);

    let sprite1 = PIXI.Sprite.from('image.png');
    sprite1.anchor.set(0.5);
    sprite1.x = -32;
    app.stage.addChild(sprite1);

    let sprite2 = PIXI.Sprite.from('image.png');
    sprite2.anchor.set(0.5);
    sprite2.x = 32;
    sprite2.scale.set(3);
    app.stage.addChild(sprite2);
});

index.css

#app canvas {
    width: 512px; /*/2倍に拡大/*/
}

image.png

全て同一ディレクトリにあります。

実行するとこんな感じ

画像をクリックして拡大するとわかりやすいですが3倍のスプライトも等倍のスプライトもぼやけています。
どうにかしましょう。

解決方法

Canvas要素を拡大した時のぼやけはCSSで調整する。

index.css

#app canvas {
    width: 512px; /*/2倍に拡大/*/
    image-rendering: pixelated;
}

等倍のスプライトは綺麗に表示されています。

プログラムで拡大設定した時のぼやけはjsで調整する

index.js

window.addEventListener('load', () => {
    PIXI.settings.SCALE_MODE = PIXI.SCALE_MODES.NEAREST;
...

完璧です！

ちょっと回転させます。

index.js

...
    let sprite1 = PIXI.Sprite.from('image.png');
    sprite1.anchor.set(0.5);
    sprite1.x = -32;
    sprite1.rotation = Math.PI / 3;
    app.stage.addChild(sprite1);

    let sprite2 = PIXI.Sprite.from('image.png');
    sprite2.anchor.set(0.5);
    sprite2.x = 32;
    sprite2.rotation = Math.PI / 3;
    sprite2.scale.set(3);
    app.stage.addChild(sprite2);
});

回転しても大丈夫。

ちょっと高速化

PIXI.settings.ROUND_PIXELS = true;を追加します。
ピクセル補完とやらが停止して速くなるらしいです。
公式の説明(英語)

index.js

window.addEventListener('load', () => {
    PIXI.settings.SCALE_MODE = PIXI.SCALE_MODES.NEAREST;
    PIXI.settings.ROUND_PIXELS = true;
...

さっきとは若干違います。

以上！！