ツクールMV時代はYEP_OptionCore.jsと併用する際は特別な設定なしで動きました。
これはYEP_KeyboardConfigとGamepadConfigであるかのように情報を偽装することで、設定情報を勝手に使って動かしていたためです。
しかし、RPGツクールMZになりVisuMZへ移行された際に上記のプラグイン2種類に対応したパラメータが消えたことで専用の処理を追加する必要が出ました。

対応コードを勝手に書くとVisuMZに対するライセンス違反になるので、パラメータ用のデータを記載します。
まず、下記の画像の順にプラグインパラメータを開いていきます。

一番下の画像の内容になったら、テキストの部分に以下の内容を貼り付けます。
上の方がゲームパッド用の設定、下の方がキーボード用の設定です。
それぞれ個別に追加してください。

{"Symbol:str":"GamepadConfig","Icon:num":"245","TextStr:str":"Untitled","TextJS:func":"\"return 'GamePad setting';\"","Accessibility":"","ShowJS:func":"\"// Return Boolean\\nreturn Imported.Mano_InputConfig;\"","EnableJS:func":"\"// Return Boolean\\nreturn true;\"","ExtJS:func":"\"// Return Value\\nreturn 0;\"","Functions":"","DrawJS:func":"\"// Declare Constants\\n\\nconst symbol = arguments[0];\\nconst index = arguments[1];\\nconst title = this.commandName(index);\\nconst rect = this.itemLineRect(index);\\nconst quarterWidth = rect.width / 4;\\nconst halfWidth = rect.width / 2;\\nconst value = this.getConfigValue(symbol);\\n\\n// Draw Command Name\\nthis.resetFontSettings();\\nthis.changePaintOpacity(true);\\nthis.drawTextEx(title, rect.x, rect.y, halfWidth, \\\"left\\\");\"","ProcessOkJS:func":"\"// Declare Constants\\nMano_InputConfig.gotoGamepad();\"","CursorRightJS:func":"\"// Declare Constants\\nconst symbol = arguments[0];\\nconst value = this.getConfigValue(symbol);\\nconst lastValue = value;\\n\"","CursorLeftJS:func":"\"// Declare Constants\\nconst symbol = arguments[0];\\nconst value = this.getConfigValue(symbol);\\nconst lastValue = value;\"","Data":"","DefaultJS:func":"\"\"","SaveJS:func":"\"\"","LoadJS:func":"\"\""}

{"Symbol:str":"KeyboardConfig","Icon:num":"245","TextStr:str":"Untitled","TextJS:func":"\"return 'Keyboard setting';\"","Accessibility":"","ShowJS:func":"\"// Return Boolean\\nreturn Imported.Mano_InputConfig;\"","EnableJS:func":"\"// Return Boolean\\nreturn true;\"","ExtJS:func":"\"// Return Value\\nreturn 0;\"","Functions":"","DrawJS:func":"\"// Declare Constants\\n\\nconst symbol = arguments[0];\\nconst index = arguments[1];\\nconst title = this.commandName(index);\\nconst rect = this.itemLineRect(index);\\nconst quarterWidth = rect.width / 4;\\nconst halfWidth = rect.width / 2;\\nconst value = this.getConfigValue(symbol);\\n\\n// Draw Command Name\\nthis.resetFontSettings();\\nthis.changePaintOpacity(true);\\nthis.drawTextEx(title, rect.x, rect.y, halfWidth, \\\"left\\\");\"","ProcessOkJS:func":"\"// Declare Constants\\nMano_InputConfig.gotoKey();\"","CursorRightJS:func":"\"// Declare Constants\\nconst symbol = arguments[0];\\nconst value = this.getConfigValue(symbol);\\nconst lastValue = value;\\n\"","CursorLeftJS:func":"\"// Declare Constants\\nconst symbol = arguments[0];\\nconst value = this.getConfigValue(symbol);\\nconst lastValue = value;\"","Data":"","DefaultJS:func":"\"\"","SaveJS:func":"\"\"","LoadJS:func":"\"\""}