結論だけ言うとイベントシーン中や連戦では「セーブ禁止」状態にしてオートセーブを無効化するのが最適解です。
特にオープニングイベント中はオートセーブ禁止を推奨します。

オートセーブは一歩間違うと大惨事になります。

何が問題なのか

具体的にはタイトル画面で操作ミスでニューゲームが選択されて、そのニューゲームでオートセーブが実行されて上書きになると大事故だということです。

オートセーブの実行されるのは以下の2つのタイミングです。

他のマップから移動してきたとき
戦闘が終了した直後

オープニング中は演出のためにマップ移動や戦闘が多発します。
これでオートセーブが発生し、予期せぬエラーからの復帰という目的を果たせなくなってしまいます。

いつオートセーブ許可を行うか

個人的なオススメはオープニング中の最初の戦闘の直前にセーブの許可を出し、最初の戦闘が終わった直後にオートセーブが動くようにするパターンです。
この戦闘がそれなりに長ければ、プレイヤーは問題に気づいてリセットし、オートセーブを開いて本来のゲームに戻るでしょう。
また、最初のセーブポイントに触れたタイミングで許可を出すのもオススメです。

おわりに

元々はプラグインを書いてこれを対策する方法を考えました。
しかし、イベントコマンドの「セーブ禁止の変更」で解決すると判明したので、没にしてこの記事を作成しました。
難しいことは必要ないので、ササッと組んでしまいましょう。