multiple-cursor.el(ver1.2.1)で連番を挿入できる関数mc/insert-numbersは、連番の開始番号しか選択できません。
cua-modeのように問い合わせで増加数や0埋めを指定したかったので走り書きしました。

設定をコピペして反映させ、multiple-cursor使用時に
M-x my/mc/insert-numbersを呼び出せば以下のプロンプトが表示されます。

Start from (default 0): 開始番号
Increment by (default 1): 増加数
Padding (default %01d): 0埋め、空白埋めなどのフォーマット(%03d, %5d)

.emacs.d/init.el

    ;; insert specific serial number
    (defvar my/mc/insert-numbers-hist nil)
    (defvar my/mc/insert-numbers-inc 1)
    (defvar my/mc/insert-numbers-pad "%01d")

    (defun my/mc/insert-numbers (start inc pad)
      "Insert increasing numbers for each cursor specifically."
      (interactive
       (list (read-number "Start from: " 0)
             (read-number "Increment by: " 1)
             (read-string "Padding (%01d): " nil my/mc/insert-numbers-hist "%01d")))
      (setq mc--insert-numbers-number start)
      (setq my/mc/insert-numbers-inc inc)
      (setq my/mc/insert-numbers-pad pad)
      (mc/for-each-cursor-ordered
       (mc/execute-command-for-fake-cursor
        'my/mc--insert-number-and-increase
        cursor)))

    (defun my/mc--insert-number-and-increase ()
      (interactive)
      (insert (format my/mc/insert-numbers-pad mc--insert-numbers-number))
      (setq mc--insert-numbers-number (+ mc--insert-numbers-number my/mc/insert-numbers-inc)))