（基本）WinMergeをコマンドで起動

前準備

比較用のサンプルテキスト用意します。

sampleA.txt

AAA
BBB

sampleB.txt

AAA
BB*
CCC

コマンドプロンプトを起動し、以下のように入力する。

comandWinMerge.bat

"C:\Program Files\WinMerge\WinMergeU.exe" "sampleA.txt" "sampleB.txt" /minimize /noninteractive -or "CompareResult.html"

コマンド	意味
C:\Program Files\WinMerge\WinMergeU.exe	WinMerge 起動（※パスは個人で異なります）
sampleA.txt	比較対象１（※パスは個人で異なります）
sampleB.txt	比較対象２（※パスは個人で異なります）
\minimize	最小画面で起動
\noninteractive	処理終了と同時にアプリを閉じる
-or	レポートのファイルパス
CompareResult.html	レポートの出力先（※パスは個人で異なります）

実行

コマンドプロンプトでバッチ名を入力し実行
>comandWinMerge.bat

結果確認

出力された CompareResult.html を開く

無事にレポートの出力に成功しました。
ただ、差分がない「AAA」も出力されてますね。
では、本題に移りましょう。

差分のみ出力するコマンド

前準備

先ほど作成したバッチに、-cfg "Settings/DiffContextV2=0"　を追加

comandWinMerge.bat

"C:\Program Files\WinMerge\WinMergeU.exe" "sampleA.txt" "sampleB.txt" /minimize /noninteractive -cfg "Settings/DiffContextV2=0" -or "CompareResult.html"

実行

コマンドプロンプトでバッチ名を入力し実行
>comandWinMerge.bat

結果確認

出力された CompareResult.html を開く

「AAA」は無く、差分のみ出力されましたね！

補足

-cfg
コマンドラインから設定情報（※）を指定できます。
"Settings/DiffContextV2=0"
diffコンテキストを0行に設定
diffコンテキスト：差分があった前後の行を指定した行数だけ表示できる

※他の設定情報を確認してみる

編集＞設定をクリック。

ウィンドウが開くので、エクスポートをクリック。
エクスポート先を指定したらエクスポートを実行。

エクスポートされた設定情報を確認。見ての通りめちゃめちゃあります。
「-cfg 〇〇〇=〇」のような表記でここの設定をいじれると思うので、カスタマイズしてお試しあれ。