$root = XCube_Root::getSingleton();
$value = $root->getSiteConfig('セクション名', 'パラメータ名'));
例
site_custom.ini
[Foo]
Bar=Baz
$root = XCube_Root::getSingleton();
$value = $root->getSiteConfig('Foo', 'Bar'));
echo $value;
// 出力は Baz
XOOPS_TRUST_PATH/settings/site_default.iniよりもXOOPS_TRUST_PATH/settings/site_custom.iniが優先される。
他にも優先順位ルールがあるのでXOOPS Cubeのiniファイルの優先順位も参照してください。