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Anaconda&Jupyterの環境構築をした

More than 3 years have passed since last update.

1. install

Homebrewをインストールしておいて、次を実行

$ brew install pyenv
$ pyenv install anaconda3-2.5.0

GUIのインストーラーがあるみたいだけれど、こちらは利用していない。
GUIのインストーラーを利用した場合の手順もあります。

2. Test drive

チュートリアルが提供されているのでやっておく。

ここの内容は次のチートシートによくまとめられている。

2-1. anacondaの管理

インストール確認

バージョンを出してインストール確認

$ conda --version

バージョン出るはず、だけど出ない

pyenv: conda: command not found

The `conda' command exists in these Python versions:
  anaconda3-2.5.0

これはPyenvでインストールしていて、Globalにはインストールしていないため

作業用のフォルダを作って、そこでpyenvを利用してanacondaをインストール。

$ pyenv local anaconda3-2.5.0 
$ conda --version
conda 3.19.1

今度はできた。

アップデート

Anacondaを最新版にアップデートしておく。

$ conda update conda

インストール直後だから大丈夫だと思っていたけれど、普通にアップデートされた

2-2. 作業環境管理

Anacondaでは作業環境を作成し、保存できる。この辺り、Rに似てる。

作業環境作成

Biopython用にSnowflakesという名前の環境を用意する。名前はチュートリアルにならった。

$ conda create --name snowflakes biopython

biopythonのダウンロードとセットアップが始まり、次のメッセージが表示される。

#
# To activate this environment, use:
# $ source activate snowflakes
#
# To deactivate this environment, use:
# $ source deactivate
#

早速有効化してみる。

$ source activate snowflakes
usage: grep [-abcDEFGHhIiJLlmnOoqRSsUVvwxZ] [-A num] [-B num] [-C[num]]
    [-e pattern] [-f file] [--binary-files=value] [--color=when]
    [--context[=num]] [--directories=action] [--label] [--line-buffered]
    [--null] [pattern] [file ...]
pyenv: -bash: command not found

[プロセスが完了しました]

何が起こったのか理解できなかったので放置して先に進む。

2-3. Pythonのバージョン管理

pyenvと役割が重なっているので嫌な予感しかしない。放置して先に進む。

2-4. Anacondaのパッケージ管理

インストール可能なパッケージのリストを表示

$ conda list 

パッケージの検索(ここではbeautifulsoup4をインストール)

$ conda search beautifulsoup4

インストール(beautifulsoup4はインストール済みなので何も起きない)

$ conda install beautifulsoup4

アンインストール

$ conda remove beautifulsoup4

3. Jupyter Notebook

いよいよJypyterで色々やる。

3-1. Jupyter Notebookの起動

Jupyter Notebookを起動する

$ jupyter notebook

kobito.1458974303.637463.png

以降こちらを操作する。右上からNew Notebookを実行してHello, world.
kobito.1458974583.546858.png

Shift+Enterでセルの実行ができる。

今日はここまで。後は今度やる。

Reference

1. install

repro
世界59か国6,500以上の導入実績を持つCE(カスタマーエンゲージメント)プラットフォーム「Repro(リプロ)」を提供
https://repro.io/
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