TilemapはUnity公式の2Dマップエディタです。

ゲーム実行中でも、TilemapはSetTileメソッドにより、動的にTileを配置できます。

Tileを配置したい場所を引数position（Vector3Int型）に、配置したいTileをtile（TileBase型）に渡します。

コード例を示します。

using UnityEngine;
using UnityEngine.Tilemaps;

public class TilemapController : MonoBehaviour
{
    [SerializeField] Tilemap tilemap;
    [SerializeField] TileBase tile;
    [SerializeField] Vector3Int position;

    void Start()
    {
        tilemap.SetTile(position, tile);
    }
}

SetTileメソッドの他にも、Tilemapクラスには

SetTileメソッドのTileChangeData構造体を引数にとるオーバーロード
SetTilesメソッド（2つのオーバーロードあり）
SetTileBlockメソッド

があります。

また、Tileを削除したい場合は、削除したい場所に引数Tileにnullを渡してください。

using UnityEngine;
using UnityEngine.Tilemaps;

public class TilemapController : MonoBehaviour
{
    [SerializeField] Tilemap tilemap;
    [SerializeField] TileBase tile;
    [SerializeField] Vector3Int position;

    void Start()
    {
        tilemap.SetTile(position, null);
    }
}

すべてのTileを取り除いて良いのであれば、ClearAllTilesメソッドを使います。

using UnityEngine;
using UnityEngine.Tilemaps;

public class TilemapController : MonoBehaviour
{
    [SerializeField] Tilemap tilemap;
    [SerializeField] TileBase tile;
    [SerializeField] Vector3Int position;

    void Start()
    {
        tilemap.ClearAllTiles();
    }
}